1629年（崇祯二年），崇祯皇帝下令为遭到迫害的东林党人恢复名誉，并下诏修复东林书院。
东林党人号称“清流”，影响着天下的舆论。上述皇位继承权之争和京察之争，都是统治阶级内部的权力之争。但是，这并不能掩没东林党人在这些斗争中力图革新朝政、反对统治集团中最反动腐朽势力的进步作用。
由于东林党人威胁到其他非东林党人的利益，许多非东林党的官员为自保也纷纷以地域为单位，以高官为领袖，结成帮派，一时朝中宣党、浙党、楚党、齐党林立，他们联合起来打击东林党人。
斗争由原来的阁部之争和门户之争逐渐演变为党派斗争，规模进一步升级，性质更加严重，影响也更加恶劣，明代政争急剧恶化，进入一个前所未有的新时代。
东林党人代表了当时江浙商人和地主豪强的利益，反对朝廷向工商业者收税，并借着崇祯帝清除魏忠贤势力的时机，取消或降低了海外贸易税、矿税、盐税、茶叶税等税种的税负，使得明末的财政收入来源更加单一，朝廷的税收来源更加依赖于普通的农民，再加上当时各种天灾不断，造成了大量农民破产，形成大量流民，直接导致了明末的农民大起义。
刘志琴《我敬仰东林党又痛其愚顽》：“东林党这一批人是道德理想主义的殉道者，他们身体力行，鞠躬尽瘁，为晚明王朝的整体利益献身亡命，蒙冤受屈。
然而他们又滞留在理想化的境界，在实践中表现为无能又无奈，软弱，退缩，麻木不仁，直至遭受灭顶之灾。”
邱以宁《风雨如晦，鸡鸣不已：从文化角度看晚明东林党人》认为：“东林党人在时局动荡之际，能够以道自任，致力于社会道德文化秩序和政治法律秩序的重建，知行合一”。
“其人格精神是永远值得人们赞扬，钦佩的；但是在现实的经验操作过程中，东林党壁垒森严的门户之见，以及……意气用事，挑起了晚明剧烈的党争，既给自身带来了毁灭性的打击，也给国家、民族造成巨大的负面影响。”
葛荃《论政治思维定势与东林党人的困境》认为：东林党人“‘党见'太深，壁垒过严，以致树敌过多”。
如果从文化心理的角度来分析其主观原因，那么，应该说，这是他们在承传先秦以来儒家文化的过程中积淀而成的“‘非此即彼'的认知模式”和“‘善恶两分'的绝对化政治思维定势”造成的。
但他们“代表了儒家文化传统的正宗，在政治行为上，他们是清官和忠臣的典型”，是“士大夫的正面形象”。
他在《立命与忠诚：士人政治精神的典型分析》一书中又说：“东林人士是君主政治的殉道者，他们是中国古代士大夫群体中最有品性与性格的杰出之士，故而青史留名”，“铸就民族的史诗总也离不开个体生命的壮烈，东林罹难诸公的‘曾经出席'，使得中华史诗的这一阕哀婉动人，荡气回肠，萦绕千古！”
其实吧，也就是说，东林党人虽然提出了正确的理念，但是却没有做到，同时在保护自己的利益的时候破坏了国家的利益。
这也就是东林党毁誉参半的原因，这也是为什么有人认为是东林党要对大明灭亡负责。