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最后，他决定一反常规，采用“东守西攻”之策，集中优势兵力于一路，重点突破云贵，直捣南明大后方，只有避实击虚，首先击溃大西军余部，夺取了他们的矿场，方能彻底遏制那支神秘队伍火器的优势。
若果能如此，那么，届时凭借兵力的优势，便能把区区数千精锐明军淹没，为此，哪怕东路暂时节节败退丢掉一些地盘，也在所不惜。
……
南京明故宫西侧，原明初五军都督府衙门内，洪承畴一行甫一抵达，便以此地为总督府，紧急召集各地将领前来议事。
南京，六朝古都，古称石头城，曾称秣陵、建业、建康、江宁、金陵。元朝时改称为集庆路，朱元璋攻占此地后，改为应天府，后决定定都于此，改称京师，以周边京畿地区为直隶，并以开封为北京，以老家凤阳为中都。
自此，南京成为了当时中国的政治、经济、文化中心，明初时人口约有七十万，到明代中叶，人口更高达一百二十余万，是当时中国规模最大、人口最多的城市，也是全世界最大最繁华的城市，修造历时达二十七年的南京明城墙，是世界第一大城垣。
城内玄武湖畔，鸡笼山麓的国子监学生多达近万人，其中有很多来自日本、朝鲜、安南、琉球等国的留学生在此学习。
十里秦淮是南京繁华所在，一水相隔河两岸，分别是南方地区会试的总考场江南贡院，另一畔则是南部教坊，名伎聚集之地，明末的秦淮八艳名闻遐迩。
秦淮河两岸集市云集，人流如织，经济繁荣往往伴随着文化的发达，诗词、书画都开一代之风。
明建文四年，朱棣发动靖难之役夺了建文帝朱允炆的帝位后，改元永乐，十九年后，朱棣正式迁都北平，改称北京，将河北、天津一带称为直隶。
遂将南京改为留都，原直隶地区改为南直隶，设南京六部等机构，委派皇族和内臣管理，行使双京制。
万历年间，西方传教士利玛窦游历中国后，在《利玛窦评传》中写到：“目睹南京这座大城，未免眼花缭乱……南京城极其雄伟壮观，本朝开国皇帝洪武把它造成奇迹，东方所能见到的一切都无法望其项背……”。
后在访问北京之后，他将北京和南京作了一番比较：“此一城市之规模，其房舍之布置计划，其公共建筑物之结构，以及其防御工事等，均远逊于南京。”
终明一朝，南京一直是南方乃至全国的政治、经济和文化中心，不仅北京一地所有吃穿用度均由此地筹集起运，甚至郑和七下西洋，都是以此地为起点。
1644年二月，李自成急攻北京，有人建议明思宗朱由检迁都南京暂避，朱由检因对众臣失望而心灰意冷决意殉国，同年五月福王朱由崧被四镇拥立于南京，改元弘光，建立了第一个南明政权。
次年，清军兵临江南，攻陷南京后改南京为江宁，将南直隶地区改称为江南省，明故宫改为八旗驻防城，设置将军及都统二衙门于明故宫中，使明故宫建筑群遭到了很大破坏。
从此，南京成为统辖今江苏、安徽和江西三省军民政务的两江总督署驻地。