当完成最后一次跳跃，回到联邦境内的神舟号向施耐德博士发了联络信号后不到三个小时的时间，一整支联邦战斗群，以各种方式来到神舟号所在边境星系，将神舟号完全包围起来。
接着，措辞极为严厉，要求神舟号关闭武器系统与引擎的命令就传达到舰上，紧跟着，数千名联邦军陆战队以及更多的战斗机器人部队登上了神舟号，接管了这艘星舰，并将船上所有乘员全部扣留软禁，进行了全面身体检查与隔离。
折腾了足有两周的时间后，才宣布他们是安全的，并释放了船员们，但神舟号想要返回原本船坞，随行者除了由一艘无畏舰，四艘战列舰以及大大小小近百艘星舰组成的“护卫”舰队外，船上还有三倍于编制人员数量的军方人员跟随。
直到神舟号回到纽泽伦星系，与待在那里继续研究长城科研站的乔伊·施耐德等人汇合后，才知道为何联邦军会如此如临大敌一般对待归来的他们。
就在神舟号出航前去与渥尔夫族反抗者进行会面之后几天时间里，联邦边境也出现多次入侵报告，多个小型殖民地被摧毁，多支边境巡逻舰队失去联系，联邦政府认为全面入侵已经到来，因此下令边境进入全面警戒状态，当神舟号出现在边境星系的时候，联邦军是以再次入侵来应对的，哪怕已经收到报告是自己人返回也是如此。
他们担心神舟号已被占领，船员也被控制，异族军队会利用神舟号上的安全通行码潜入人类领地，因此才如临大敌一般将神舟号按敌舰身份对待——知晓这些后，神舟号的乘员们只能庆幸，幸好联邦军方没有先开炮后问话的习惯。
神舟号最终被送回船坞进行全面检修，船上存储的各种战斗数据，星图，以及一些打捞到的战利品，也被军方、研究机构分配。
只是谁都不知道的是，神舟号上最大的收获，古代人类最高级别军用AI战斗火花，却因为文静事先就修改了航行记录，不再存在于官方名单之中，而是跟着文静等核心人员一起，混在那些智能机器人设备之中，悄悄去往施耐德博士的研究所。
就算是那几个狼人代表联邦政府也是知晓它们存在的，但乔伊·施耐德博士还是决定先将战斗火花的事隐藏起来，她认为现在就公布战斗火花的身份还为时过早了些，联邦内部也并没有因为外敌入侵而开成铁板一块，她认为得再观察一段时间再慢慢向联邦政府高层传递这个信息——联邦政府内部始终存在其他势力的眼线，以及投降派。
这也就意味着，乔伊·施耐德博士目前并不怎么信任政府官员们。
丁乙不知道这其中发生了什么事，但他还是同意了乔伊的意见，认为现在就公布真相并不会提升人类总体战斗力，反而会引发一些不必要的内部争斗。