访欧使团派回国的船共有八艘，却只返回五艘。这些大帆船是万历十二年十月初从里斯本出发，十三年九月初时方返回广州这也是这个时代帆船的平均速度。
大西洋给了徐光启面子，但对于返回大明的船队，却露出其残忍凶暴的一面。尽管使团雇佣的船都是当世顶尖的盖伦式大帆船，足有一千八百料，但它们中的三艘在咆哮的风暴下如同孩童折叠的纸船，被击成了碎片。注1
返程的使团擦干眼泪，唱着挽歌继续返航。所幸的是分别装载美利奴羊等动植物的大船虽然沉没了一艘，但船队仍有四份备份这也算是先见之明。
船队返航后，整个广州为之轰动，市民到码头争睹西洋景。消息传到南京时，被南京日报头版头条报道十天后，京师的日报也转载了这篇报道，这又导致整个大明的轰动。
随船而归的，除了使团众人的信件和捎回来的物品；更有想要来东方挣大钱的欧洲建筑师、制造工匠、技工等技术人才，还有大量的文献资料。短短一个月时间，欧洲使团只能将最重要的公开资料弄回来一批，而且也没有时间复制，因此沉没的三艘船上的文献只能献祭给大海了。
在沉没的三艘船上还有几十个使团成员和护卫这些人的家庭朝廷肯定要厚加抚恤，给予相应的荣誉也属应有之意。
尽管损失很大，但五艘六百吨大船带回来的财富也极其惊人。
最值钱的当属美利奴羊及伺候他们的羊倌儿。按照后世人类学的理论，古代美洲大陆不可能发展出比欧亚大陆更高级的文明的最重要的原因就是没有牛、马等畜力而原时空这种西班牙细毛绵羊伴随着殖民者在世界的扩散，对政治势力想消涨乃至人类文明走向所起到的作用是令人瞠目结舌的。
如果古代中国就有这种细毛绵羊，并发展出与之匹配的纺织业，那整个欧亚文明史都要改写无法生产长期保存的商品用来与农耕文明交易，游牧民族就只能用武力掠夺，这是生存需要，非以人的意志为转移，也不是所谓“教化”能解决的经济基础问题。
本时空，这些细毛羊种的引进，比历史上早了四百年。后世一直到1985年，中国才在在引入澳美羊的基础上，培育成第一个毛用细毛羊品种，此时的游牧民族已经能歌善舞三百年，其代价就是满清对其实施“减丁政策”的残酷杀戮到全国解放时，蒙古族人竟然不足百万。
因此，这些美利奴羊与大明国运息息相关，是使团最重要的访问成果。这四十只长途跋涉，瘦成皮包骨的小家伙们，将成为朱翊钧整个北方战略的重要支撑。
除了这些羊，欧罗巴人对机械制造的研究与此际的大明各擅胜场。例如随船运回来的磨面滚压机，其中的齿轮、摇杆和细筛可以将麦子磨成面粉，并进行四次分离比如今大明的双扇石磨加人工筛粉的效率高出太多，而这东西在欧罗巴已经发明了38年，并被大规模推广使用，使团没费吹灰之力就弄回来两台，还带回来相应的制造技工。
另外，在基础科学领域，使团还运回来大量文献。仅几何原本一书，不管它是希腊人还是埃及人写成，只要拿回大明翻译出来，这趟出使就值回票价，其他都是附带。
同时，跟着运回来的还另有逻辑、形而上学、伦理学、美学和政治学等等文献，包括亚里士多德、柏拉图、色诺芬、德谟克利特等人的诸多著作他山之石，足以攻玉。注2