正如海瑞所料，万历三年三月二十六日，华亭和松江府同时报民变。两处加起来近一万三千多饥民被别有用心之人引导，华亭县饥民先冲击常平仓，后冲击徐府抢粮；府城的冲击府库、府衙。
因府、县和兵备道早就有所准备，王以修、杨瑞云、蔡国熙等立即出手，民变刚起，即被扑灭。两处损失都不大，唯有徐府的大门被冲破，损失不小。后来官兵赶到，将领头的饥民全数逮捕，弹压住了。
民变主力即为江南大族以朝廷重申蓄奴令为由所开革的大量奴仆，夹杂着些失去生计且不愿离乡的佃户。因此此次民变准确来说，是奴变。——史称“松江奴变。”朱翊钧掌权以来，此次民变为江南地区规模最大的一次。
还如海瑞所料，民变刚报到京师，加急谕旨就下来，真的任命海瑞为“巡抚江南督察松江民变专案”钦差大臣，并授王命旗牌，行辕设在南京，圣旨命他大张旗鼓，调查松江奴变内情。
圣旨内容传了出去，江南各地见皇帝毫无认错之意，这心思竟都蠢动起来。此时，不知从哪里传出来，说徐家、董家、庄家等一些大家，因皇帝让他们退田，故意鼓动民变胁迫朝廷——所以皇帝派海青天彻查。
不消半个月，这消息传得到处都是，众人一听还有这般内情，这往造反上靠的事儿却谁也不敢干，这南方同情徐家，斥骂朝廷的言论竟因此谣言传播，导致温度低了低。
海瑞四月初八就接到谕旨，心道果然，仿佛吞了个苍蝇似的。然而他毕竟不是以私心害国事的人，只好打叠精神，发挥出他办案特长，开始穷究根治。
此次民变的两大黑手，海瑞心中明镜般，一方是以徐家为首的江南豪族；一方是远在京师，身居大内的朱翊钧，这查案的方向一点儿跑偏不了。
海瑞倒是有心查一查锦衣卫和镇守太监府在民变中起了些什么作用，但是这些人个个滑不留手，钦差大人问话时，先把董家、庄家、徐家等大族中人在民变前互相串联的情况兜了个底掉。
但海瑞问他们为何不及时报给应天巡抚或松江府时，口径一致的回答是，对这些大族和官员动向监视都是常规工作，但谁能想到这些人狼子野心，居然撺掇民变以胁迫朝廷？这谁能想到？
海瑞心说皇帝给我喂苍蝇，你们这是给我喂屎啊！但他绝不是不通权变之人，本身对这些盘根错节的江南豪族半点好感都欠奉。对皇帝这只大黑手他没有任何切实的证据，只好捏着鼻子认了账。
到了四月底，海瑞已将整个民变案厘清，形成专报加急送京师。
奏章中除了奏报案情，海瑞还提醒朝廷：江南此时舆论鼎沸——对徐阁老家遭受奴变冲击，老翁携家眷狼狈逃窜，险些陷于贼手的惨状报以极大同情。
海瑞奏报，整个江南对朝廷重申蓄奴令、打击豪族做法的批评之声，已经沸反盈天。若朝廷不能善加妥处，还会有民变发生！
张居正览奏后，见海瑞已经将徐阶两子在民变前与董家、庄家等豪族互相串联之事做成了铁案，心中大惊，平生第一次产生了对海瑞操守的怀疑。