0086年，当雷比尔把枪口对准官僚体系的时候，反击开始了。
地球联邦部分官僚以联邦军、归隐的吉翁军甚至海盗等为兵源，成立了反提坦斯秘密组织“奥古”。
0087年底，在一年战争败逃至远地资源卫星阿克西斯的基西利亚扎比带着新生吉翁返回地球圈。
雷比尔将军率领提坦斯舰队迎击。
在双方打的最焦灼的时候，奥古宣布起义，反抗提坦斯的暴政其实并没有。
狠狠的捅了提坦斯一刀。
这场二打一的战争以雷比尔战死提坦斯被重创，新吉翁半残，奥古重新转入地下而落幕。
为了挽尊，这场时长半年的战争被成为新吉翁战争。
0088年，华肯上将接过提坦斯的大旗，出任提坦斯的司令职务。
同年，新吉翁占领side3全境，吉翁公国复辟，基西利亚登基。
0090年底，以新吉翁货船“恩底弥翁号”被提坦斯击沉为导火索，第二次新吉翁战争爆发。
这次战争中，数名新人类驾驶员脱颖而出，比如捷多，比如卡缪，比如阿姆罗收养的神秘少女拉拉辛。
这次战争中，提坦斯遭遇了新吉翁的克隆新人类部队，后来查明，这是45名12岁的克隆人少女。
这让以阿姆罗为首的新人类深受打击。
战后，幸存的4名萝莉被布莱德诺亚、阿姆罗、捷多、卡缪收养。
然而，失去财阀支持的提坦斯被彻底打残，在决战中，投入全部兵力背水一战的提坦斯不计后果的攻击新吉翁，基西利亚战死，吉翁第二公国被推翻，吉翁第二共和国成立。
扎比派被突入side3的提坦斯士兵血洗，仅有年仅11岁的密涅瓦扎比在基西利亚亲卫队的保护下出逃，前往火星圈避难。
因为提坦斯被解散，联邦军羸弱，地球圈治安急速恶化。
联邦军组织精锐士兵以及整编提坦斯幸存者，以明星舰长布莱德诺亚以及战争中涌现出来的新人类驾驶员为核心组建了地球联邦治安维持部队“隆德贝尔”。
在死亡商人阿纳海姆电子工业以及地球超大型财阀罗氏商会的支持下，隆德贝尔迅速发展，宇宙舰队的规模甚至达到了四只整编舰队的程度。
0093年，卡斯巴尔戴肯旧吉翁军明星军人夏亚阿兹纳布回归side3殖民地“甘泉”，发表演讲，在有心人的支持下于“甘泉”成立新国家“neo吉翁”。
同年，第三次新吉翁战争又称夏亚之乱，一周战争爆发，夏亚试图把小行星阿克西斯坠落地球，倒逼地球居民全部移民宇宙。
借此来一举抹平地球居民和宇宙居民之间的鸿沟。
这次战争在一周内被平息，neo吉翁舰队被六倍以上的隆德贝尔舰队围殴，超级王牌驾驶员夏亚被捷多、卡缪、阿姆罗、拉拉辛四人围殴，坚持了30分钟后被击坠战死，阿克西斯进入坠落的最终阶段，阿姆罗等新人类驾驶员试图使用s将阿克西斯推离地球。