马尼拉，西班牙殖民者在亚洲的军事基地，也是亚洲最大、最繁华的贸易港口，其位于吕宋岛天然的良港马尼拉湾东岸，建于巴石河两岸。
1571年，海上殖民强国西班牙从马尼拉登陆，入侵并占领了吕宋岛，然后在马尼拉城中心的巴石河南岸建立了城堡和炮台。自那时起，这里便成了西班牙殖民统治当局的首府。
西班牙殖民者在1530年代征服南美洲的秘鲁，为西班牙提供了大量白银。有了这些白银，西班牙就能直接购买东方的奢侈品，摆脱了对葡萄牙中间人的依赖。由于中国政府不允许西班牙在中国海岸建立永久性居民点，西班牙被迫到其他地方寻找合适的港口。
当西班牙在1571年夺得吕宋岛的马尼拉时，它已经是一个繁荣的港口了。马尼拉已经有了牢固确立的中国商人和东南亚商人的商业社团。这些以马尼拉为基地的商人经营印度尼西亚东部群岛的产品，已经变得很富有了，但他们也经常与日本、越南和泰国做生意。
从16世纪到18世纪，从吕宋岛的马尼拉到新西班牙（今墨西哥）的阿卡普尔科之间，商船从未停止航行。1573年，马尼拉的第一艘盖伦帆船装载着中国丝绸，缎纹织物、瓷器和东南亚的香料，驶往阿卡普尔科；返回马尼拉时运来西班牙人取自美洲的白银。此后200多年间，马尼拉都是亚洲产品换成新世界白银的商业周转中心。
只不过，相对于西班牙殖民者的大肆掠夺，马尼拉的中国商人却是厄运不断。16世纪晚期，福建华人与吕宋岛间的贸易得到迅速发展，大批华人前往吕宋岛定居，到明万历年间，广东海盗林凤在吕宋与西班牙殖民者开衅。激起西入对华侨的仇视。
西班牙强盗不仅要对前来交易的中国海商征以重税，而且特别规定，到吕宋的中国商船每艘只能载两百人，而返程的时候则必须加倍运回商人，“必倍以四百”。这等于是一种变相的驱逐。
西班牙殖民者又制订制度，要求中国商人运入的货物必须由总督委派的官员整批估价，然后分配给西班牙商人，中国人不得私下交易。希望借此从数量和价格两端限制中国商品的输入。
最后，西班牙人还拼命限制中国商人在吕宋等岛的经商范围。他们把中国商人集中在马尼拉的一个小区——涧内，中国商人在涧内平时不能外出，更不能在外面过夜，常常因极小的事故而被拘锁并科以罚金，甚至可能由于未保持住所清洁而遭到罚款。
这些还远远不够。于是在1603年和1639年，西班牙殖民者举起了屠刀。万历到崇祯年间，西班牙殖民者两次屠杀马尼拉华侨，虽然惴惴不安，但都是有惊无险。
“海外争斗，未知祸首；又中国四民，商贾最贱，岂以贱民，兴动兵革?又商贾中弃家游海，父兄亲戚，共所不齿，弃之无所可惜……”
大屠杀发生在海外，也查不到罪魁祸首。士民工商，商人最贱，怎能为自弃于王化的贱民而打仗？华商弃家于不顾，跑到海外，父兄亲戚都为之羞愧，放弃他们，无伤大雅。
好一派狗屁之言！
明亡于万历，铁板钉钉！
1603年第一次大屠杀以后，西班牙殖民强盗发现马尼拉没有理发师、没有裁缝、没有鞋匠、没有厨师、没有农民和牧民，没有粮食吃，没有鞋子穿，即使出极高的价钱也买不到。强盗们自己供认，“华侨乃所有行业的从业人手，是以合理的工价从事劳动的优秀劳动者，没有华侨，马尼拉是不可能维持得下去的。
对于西班牙殖民政府来说，华商每年所纳进口税达五万二千比索，中国的纺织品在墨西哥所纳的进口税比马尼拉还要多。因此．华商不到，菲律宾和墨西哥的殖民政府都经受不起这么大的税收损失。至于一切和征收关税和执照费有关的人物，捞的更多，那就更不用说了。总之，离开华商华侨，西班牙强盗就活不下去。
菲律宾经济一片萧条，殖民当局掌握技术的劳动力严重不足，因而不得不采取措施，鼓励华商前来菲律宾贸易。一些西班牙人纷纷将幸存华人留在家中，给予“庇护”，以供家庭服务和从事手工艺制作，为自己增殖财富。历史从正反两面又一次证明，没有中国商品的供应，没有华侨的服务，西班牙人就无法在菲律宾生活下去。他们发现，没有华商，菲律宾的统治维持不下去的，于是不侵不放松对华商的限制，又有大批中国商船驶往马尼拉，“涧内”日益繁荣起来。
崇祯十二年（1639年），在吕宋岛的华商又增至一万多人，全岛总数达二万五千至三万人。西班牙人对华商实行残酷的剥削和蹂躏，不仅征收苛重的税收，还强迫华商服繁重的劳役，许多华商被活活折磨死。中国商人实在忍无可忍，奋起反抗，西班人立即调集大军加以围剿，再次用大炮将华人居住地“涧内”轰平，使昔日繁荣的“涧内”顷刻化为灰烬。接着在吕宋岛全境进行大屠杀，有的把华商骗到一个大院内进行集体枪杀，有的采用突然袭击的手段，将毫无准备的华商杀害，甚至连老人、小孩也不能幸免。这次大屠杀延续了三个多月，罹难华商达二万四千余人。明廷曾派郑芝龙率部众进攻吕宋，结果因没有军饷可发而就此停滞。是真是假，不得而知。
第二次大屠杀后，西班牙人又发现日子不好过，决定稍稍放宽尺度，允许华商长住“涧内”，因此，到菲律宾的华商又逐渐增加，到崇祯十七年(1644年)，已恢复到二万五千人至三万人，“涧内”再次成为繁华的商业区。
坐落在巴石河沿岸的圣地亚哥城堡，由西班牙殖民者建造，以防止外敌入侵，位于西班牙殖民者聚集的马尼拉王城的西北部，是西班牙统治者的主要防御阵地。圣地亚哥城堡修建于1571年，历史15年完工，被西班牙西班牙殖民统治者称为“自由圣地”。1590年西班牙总督改建为是石城堡，城墙厚达10米，设有塔楼和炮台，城外修建有护城河。