正中是明道院，设有明道堂，可容纳三百余人，是各家都讲讲经明义的地方，堂前也有对联：以德育人，千秋示范；因材施教，四海传经。除过正堂，东廊五间精舍，供都讲休息喝茶议事，西廊五间精舍，供学生交流研讨。这是采取“讲于堂、学于斋”的教学方针，再往后是御、晚晴楼、双溪楼、万荷池等等等等
走西侧是求真门，多座大小不一的院落依山而建，鳞次栉比，分别是儒院、道院、佛院、天经院、玉算院以及百家院，这是供诸家子弟求学苦读诵经习艺的地方，有竟成堂、虎变堂、知过堂、朝闻堂、焉知楼、藏渊楼、星焕楼、养气楼等。
引着袁青杞参观完毕，她忍不住感叹道：“当世肯以这么大的财力物力建造书院者，唯大将军一人而已！这是千秋之功，圣人之举，不为三教，当为天下苍生谢大将军！”
徐佑笑道：“我不敢居功，钱物和人力，都是陆氏负责。以后我准备在孔庙边再设一个报功祠，凡对书院有大功者，皆可入祠内供奉。”
袁青杞冷冷道：“陆绪要杀你，这是陆氏费点钱财可以消弭的小过吗？别人我不管，陆宗周绝对不能入报功祠！”
我都不介意了，你还没有释怀……
徐佑苦笑道：“可我很久之前已经邀请陆宗周担任玄机书院的名誉山长……”
袁青杞淡淡的道：“哦？”
不能不服气，不管什么时代，女人的语气助词永远能够那么精确无误的表达出任何她们想要表达的意思。
徐佑立刻表态，道：“那时我的想法还不成熟，没有充分认识到名誉山长这个职位的重要性和特殊性，为了更好的推动玄机书院的发展，我决定把名誉山长永久定为五人，除非是各家各宗的领袖，余者皆不能入选！”
袁青杞乜了他一眼，道：“小女子人微言轻，发发牢骚，当不得真，大将军可千万别勉强……”
“不勉强！感谢祭酒的金玉良言，简直振聋发聩！”徐佑表情严肃，道：“为表谢意，今晚万荷池设宴，祭酒务必赏光！”
“都有谁出席？”
“没有旁人，只有佛宗的几位法师……”
袁青杞明白徐佑的用意，只有趁他还在钱塘，压得住阵脚，把佛道两家的冤仇当面解开，否则的话，一旦他无暇东顾，书院这边还纠缠不休，怎么安心？
“好！”
袁青杞答应的很爽快，既来之则安之，徐佑想把佛道两门的争论局限在书院之内，长远来看，这对朝廷、百姓和两教的发展都是好事，她没有理由不顺从，甚至打定主意，哪怕要道门做出一定的让步，也要帮徐佑达成所愿。