居正自夺情后，益偏恣。其所黜陟，多由爱憎。左右用事之人多通贿赂。冯保客徐爵擢用至锦衣卫指挥同知，署南镇抚。居正三子皆登上第。苍头游七入赀为官，勋戚文武之臣多与往还，通姻好。七具衣冠报谒，列于士大夫。世以此益恶之。
亡何，居正病。帝频颁敕谕问疾，大出金帛为医药资。四阅月不愈，百官并斋醮为祈祷。南都、秦、晋、楚、豫诸大吏，亡不建醮。帝令四维等理阁中细务，大事即家令居正平章。居正始自力，后惫甚不能遍阅，然尚不使四维等参之。及病革，乞归。上复优诏慰留，称「太师张太岳先生」。居正度不起，荐前礼部尚书潘晟及尚书梁梦龙、侍郎余有丁、许国、陈经邦，已，复荐尚书徐学谟、曾省吾、张学颜、侍郎王篆等可大用。帝为黏御屏。晟，冯保所受书者也，强居正荐之。时居正已昏甚，不能自主矣。及卒，帝为辍朝，谕祭九坛，视国公兼师傅者。居正先以六载满，加特进中极殿大学士；以九载满，加赐坐蟒衣，进左柱国，廕一子尚宝丞；以大婚，加岁禄百石，录子锦衣千户为指挥佥事；以十二载满，加太傅；以辽东大捷，进太师，益岁禄二百石，子由指挥佥事进同知。至是，赠上柱国，谥文忠，命四品京卿、锦衣堂上官、司礼太监护丧归葬。于是四维始为政，而与居正所荐引王篆、曾省吾等交恶。
初，帝所幸中官张诚见恶冯保，斥于外，帝使密诇保及居正。至是，诚复入，悉以两人交结恣横状闻，且谓其宝藏逾天府。帝心动。左右亦浸言保过恶，而四维门人御史李植极论徐爵与保挟诈通奸诸罪。帝执保禁中，逮爵诏狱。谪保奉御居南京，尽籍其家金银珠宝巨万计。帝疑居正多蓄，益心艳之。言官劾篆、省吾，并劾居正，篆、省吾俱得罪。新进者益务攻居正。诏夺上柱国、太师，再夺谥。居正诸所引用者，斥削殆尽。召还中行、用贤等，迁官有差。刘台赠官，还其产。御史羊可立复追论居正罪，指居正构辽庶人宪节狱。庶人妃因上疏辩冤，且曰：「庶人金宝万计，悉入居正。」帝命司礼张诚及侍郎丘橓偕锦衣指挥、给事中籍居正家。诚等将至，荆州守令先期录人口，锢其门，子女多遁避空室中。比门启，饿死者十余辈。诚等尽发其诸子兄弟藏，得黄金万两，白金十余万两。其长子礼部主事敬修不胜刑，自诬服寄三十万金于省吾、篆及傅作舟等，寻自缢死。事闻，时行等与六卿大臣合疏，请少缓之；刑部尚书潘季驯疏尤激楚。诏留空宅一所、田十顷，赡其母。而御史丁此吕复追论科场事，谓高启愚以舜、禹命题，为居正策禅受。尚书杨巍等与相驳。此吕出外，启愚削籍。后言者复攻居正不已。诏尽削居正官秩，夺前所赐玺书、四代诰命，以罪状示天下，谓当剖棺戮死而姑免之。其弟都指挥居易、子编修嗣修，俱发戍烟瘴地。
终万历世，无敢白居正者。熹宗时，廷臣稍稍追述之。而邹元标为都御史，亦称居正。诏复故官，予葬祭。崇祯三年，礼部侍郎罗喻义等讼居正冤。帝令部议，复二廕及诰命。十三年，敬修孙同敞请复武廕，并复敬修官。帝授同敞中书舍人，而下部议敬修事。尚书李日宣等言：「故辅居正，受遗辅政，事皇祖者十年，肩劳任怨，举废饬弛，弼成万历初年之治。其时中外乂安，海内殷阜，纪纲法度，莫不修明。功在社稷，日久论定，人益追思。」帝可其奏，复敬修官。
同敞负志节，感帝恩，益自奋。十五年，奉敕慰问湖广诸王，因令调兵云南。未复命，两京相继失，走诣福建。唐王亦念居正功，复其锦衣世廕，授同敞指挥佥事。寻奉使湖南。闻汀州破，依何腾蛟于武冈。永明王用廷臣荐，改授同敞侍读学士。为总兵官刘承胤所恶，言翰林、吏部、督学必用甲科，乃改同敞尚宝卿。以大学士瞿式耜荐，擢兵部右侍郎兼翰林侍读学士，总督诸路军务。
同敞有文武材，意气慷慨。每出师，辄跃马为诸将先。或败奔，同敞危坐不去，诸将复还战，或取胜。军中以是服同敞。大将王永祚等久围永州，大兵赴救，胡一青率众迎敌，战败。同敞驰至全州，檄杨国栋兵策应，乃解去。顺治七年，大兵破严关，诸将尽弃桂林走。城中虚无人，独式耜端坐府中。适同敞自灵川至，见式耜。式耜曰：「我为留守，当死此。子无城守责，盍去诸？」同敞正色曰：「昔人耻独为君子，公顾不许同敞共死乎？」式耜喜，取酒与饮，明烛达旦。侵晨被执，谕之降，不从。令为僧，亦不从。乃幽之民舍。虽异室，声息相闻，两人日赋诗倡和。阅四十余日，整衣冠就刃，颜色不变。既死，同敞尸植立，首坠跃而前者三，人皆辟易。