夏四月癸未，振辽东饥。辛巳，倭分犯浙江、福建。秋八月己未，吉能犯永昌、凉州，围甘州。冬十月癸丑，礼部进瑞芝一千八百六十本，诏广求径尺以上者。
十一月丁亥，谕法司恤刑。是年，琉球、暹罗入贡。
三十八年春二月庚午，把都儿犯潘家口，渡滦河，逼三屯营。三月己卯，掠迁安、蓟州、玉田。庚寅，赐丁士美等进士及第、出身有差。癸巳，倭犯浙东，海道副使谭纶败之。甲午，逮浙江总兵官俞大猷。夏四月丁未，倭犯通州。甲寅，倭攻福州。庚申，倭攻淮安，巡抚凤阳都御史李遂败之于姚家荡，倭退据庙湾。
丙寅，副使刘景韶大破倭于印庄。五月辛巳，逮总督蓟辽右都御史王忬下狱。
甲午，刘景韶破倭于庙湾，江北倭平。六月乙巳，辛爱犯大同。秋八月己未，李遂、胡宗宪破倭于刘家庄。甲子，振辽东饥，给牛种。是月，俺答犯土木，游击董国忠等战死。九月，犯宣府。是年，土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密、暹罗入贡。
三十九年春正月丙戌，俺答犯宣府。二月丁巳，南京振武营兵变，杀总督粮储侍郎黄懋官。戊午，振顺天、永平饥。倭犯潮州。三月癸未，大同总兵官刘汉袭败兀慎于灰河。丁亥，打来孙犯广宁，陷中前所。杀守备武守爵、黄廷勋。夏五月壬午，振山西三关饥。壬辰，盗入广东博罗县，杀知县舒颛。秋七月乙丑朔，把都儿犯蓟西，游击胡镇御却之。庚午，刘汉袭俺答于丰州，破之。九月己巳，俺答犯朔州、广武。冬十二月，土蛮犯海州东胜堡。是月，闽、广贼犯江西。是年，免畿内、山西、山东、湖广、陕西被灾税粮。暹罗入贡。
四十年春二月辛卯朔，日当食，不见。振山东饥。丁未，景王之国。三月壬戌，振京师饥。夏四月丁未，振山西饥。五月乙亥，李本以忧去。闰月丙辰，贼犯泰和，杀副使汪一中、指挥王应鹏。秋七月己丑朔，日有食之。庚戌，俺答犯宣府，副总兵马芳御却之。九月庚子，犯居庸关，参将胡镇御却之。辛丑，振南畿灾。冬十一月甲午，礼部尚书袁炜为户部尚书兼武英殿大学士，预机务。庚戌，吉能犯宁夏，进逼固原，辛亥，万寿宫灾。十二月丙寅，把都儿犯辽东盖州。是年，乌斯藏入贡。
四十一年春三月辛卯，白兔生子，礼部请告庙，许之，群臣表贺。壬寅，赐申时行等进士及第、出身有差。己酉，重作万寿宫成。夏五月壬寅，严嵩罢。壬子，土蛮攻汤站堡，副总兵黑春力战死。秋九月壬午，三殿成，改奉天曰皇极，华盖曰中极，谨身曰建极。冬十月，免南畿、江西被灾税粮。十一月乙酉，分遣御史访求方士、法书。丁亥，逮胡宗宪，寻释之。辛丑，吉能犯宁夏，副总兵王勋战死。己酉，倭陷兴化。是月，延绥总兵官赵岢分部出塞袭寇，败之。免陕西、湖广被灾及福建被寇者税粮。是年，琉球入贡。
四十二年春正月戊申，俺答犯宣府，南掠隆庆。夏四月庚申，倭犯福清，总兵官刘显、俞大猷合兵歼之。丁卯，副总兵戚继光破倭于平海卫。秋八月乙亥，总兵官杨照袭寇于广宁塞外，力战死。冬十月丁卯，辛爱、把都儿破墙子岭入寇，京师戒严，诏诸镇兵入援。戊辰，掠顺义、三河，总兵官孙膑败死。乙亥，大同总兵官姜应熊御寇密云，败之。十一月丁丑，京师解严。是年，琉球入贡。