因为人类的Alex已死，所以此时的原型体空有Alex的人格，外貌，却丧失了原来的全部记忆。蜂拥而来的黑色守望士兵让Alex了解到自己是人人欲诛的重要目标，同时也发现了自己拥有常人不可能拥有的“超能力”。所以他更想知道“我是什么”而不是“我是谁”。
在利用自己的能力吸收了数名“BW”高级官员的记忆之后，原型体Alex也了解到自己不是人的事实以及这一切惨剧的内幕。
真相大白让Alex陷入了短暂的迷失，然后他并没有将接下来的时间用来思考人生，而是着手开始了“救赎”式的行动。一个神秘线人通过公用电话向Alex提供了关键情报——军方的重装备和火力已经迫使变异怪物无法在地表立足－但是它们转入纽约复杂的地铁和下水道系统之后，反而使人类的清剿部队陷入了游击战的泥潭之中。
如果Alex可以把军方最新研制的“血毒”（BLOODTOX）解毒剂带入地下，就能把怪物们逼出地表，从而达到歼灭目的。
Alex不仅成功履行了这一任务，还击杀了怪物们的首脑Elizabeth。
在将Elizabeth吸收后，Alex获知黑色守望打算发射核弹，摧毁整个纽约。
在经过和超级猎手的最终决战后，Alex消灭了黑色守望的野心家们，驾驶着直升机把核弹投入了大西洋，自己也因为核爆粉身碎骨，其中有一片残骸飞入曼哈顿岛，被一只乌鸦啄食。谁知病毒却吞噬了乌鸦，Alex二度复活。
生化暴乱平息后，Alex离开了纽约，开始环游世界，并且了解人类。在旅途的过程中他看透了人类的丑恶，对人类彻底丧失了信心。
他在二代中组建自己的进化体大军，大肆向外界扩散病毒，其实是给人类提出了一种能够彻底保护他们的“终极方案”——如果人类全部感染病毒成为进化者后，就可以消灭等级和阶级，做到人人平等，不再有疾病困扰，也不再有纷争和利益所导致的冲突。
二代故事开始，Alex将红光病毒（黑光病毒进化版本）注入到了一名特种士兵JamesHeller（简称J叔）身上，目的是创造生化者大军袭击全世界。
然而J叔虽然感染成为了异变体，但却成为了进化人类。
后来逐渐解锁能力的J叔成功将Alex击杀、吸收。
（PS：以下为原创剧情，如有雷同，不胜荣幸）
然而事情并没有因此结束。
虽然黑色守望遭受重创，异变体也几乎无存，但黑色守望之中却逃出了一位名为科迪的博士，科迪博士在目睹了J叔吸收掉Alex的场景之后，偷偷搜集了一些Alex的血液。
并以此展开了研究。
经过实验，科迪博士成功复制出大量的Alex复制体。
但这种复制体却并没有自我意识，且战斗力偏弱。
后来科迪博士在一次野外采集人类基因标本的时候，被路过的J叔击杀，可电脑却在秘密进行着Alex复制体的实验。
此时，病毒周期发生了变化，J叔越发虚弱。
此时，一个名为新黑色守望的组织派人前来追杀J叔。
带着女儿玛雅亡命天涯的J叔，因为战斗力衰弱的原因，最终死于鹰酱的超级战士的追杀之中。
而此时，新黑色守望终于解开了面纱。
这竟然是一群名为塔塔族的外星生物。
这种塔塔族具有流线型的细密鳞片，如果有需要，甚至可以形成一台生物梭型飞船。
黑光病毒的植株，正是塔塔族的圣物。
黑光病毒是一种可以加快进化速度的病毒，它的最大用处在于架构物质运输的快速通道从而完成各种进化，简单来说，就是它进入、改变并同化每个细胞，新细胞将之前睡眠状态下的非编码区激活并大量复制，导致激烈的生理变化，扩大基因容量，容纳优质基因改造身体，提高细胞活性，也就是吞噬、融合其他生物并得到进化。
在得知圣物被偷之后，塔塔族开启了漫长的寻找过程。
它们在二代故事发生的十年之后，来到了地球。
随后，它们和地球各国交战。
塔塔星人科技先进，虽然只有几百万人，却在短时间内击败地球上大多数国家。