内阁与六部这种职权界限不清，工作上彼此失调，大大影响了明政府的行政效率。
在客观上，则有利于司礼监的擅权乱政。
内阁中矛盾激烈。尤其嘉靖以后，阁臣间的倾轧突出由于阁臣的任用、权力大小、去留，均没有明确规定，又由于首辅与次辅间权力悬殊，在天启以前一直无明确的职责分工。
所以阁臣间争夺权势的斗争激烈，尤其是“嘉靖以来之首辅，莫不由倾轧排挤而得之”，如严嵩拉拢科道弹劾翟銮，使翟被“削籍为氓”。
严嵩与夏言互相排挤，致夏言被弃市。
在阁内的纷争中，阁臣不但各自培植自己的势力，致使明中叶以后的政治日益**。
从明代内阁制度的种种特点，可见内阁制度在当时并未能成为与君主**政体完全适应的辅政制度。
内阁地位的特殊又使它成了矛盾辐辏之所，各种矛盾的发展，无一不是加剧了政治的**。
明朝内阁制强化了君主**制度。
内阁制度随着皇权的高度强化而建立，权利的来源，由君主所授予，对君权的制约作用有限。
事无大小，内阁都要秉承君主的旨意行事，遂成为君主加强**的工具，因此明代的君主**比前代尤甚，助长了君主**。
同时也形成了明代宦官的专权。
明代内阁因缺乏法定的地位和权力，只是政务的辅助机构，通过票拟、修旨来辅政，但大学士的票拟最终要通过皇帝的朱批，而明代的司礼监秉笔太监掌章奏文书，宣宗时大臣章奏除皇帝亲批数本外，皆由司礼监秉笔太监参照内阁的票拟批红。
宣宗以后，人主怠荒，深居内宫，不亲政事，不见大臣，又把太监当作心腹委以重任，朱批便由秉笔太监处理。
司礼监便凌驾于内阁之上，内阁权力仅止于票拟。
无论皇帝亲自掌权或者是假手于司礼监代批，大学士只能承旨办事，由是司礼监便趁机窃柄专权。
明之阁臣即使有理想，有主张者，也必须先勾结宦官不可，否则一切政事都受到宦官阻梗，不能上达皇帝，如张居正为有明一代能臣，其任首辅时亦要密结司礼太监冯保，才能策动当时的政事。
至于阁臣之不肖者，更争相谄媚逄迎宦官，助阉为虐，狼狈为奸，助长宦官的气焰。
综观明代宦官为祸之烈，实与废相后，内阁无实权，加上君主过于宠信宦官，使宦官得以居中用事所使然。
这种三权分立的政治架构还容易演成朋党倾轧。
明之内阁上受君主箝制，内受宦官操纵，阁臣之欲握权柄者，皆不免以不光明之手段得之。
一方面要交结内监；另一方面则又须倾轧同列之大学士，遂演成朋党之祸。
即在明代内阁权任处于最高峰时，阁臣间为争夺首辅地位，往往互相倾轧，愈演愈烈，甚至不惜朋党台谏，依傍宦官，世宗时之严嵩任首辅，威权不可一世，但却为阁僚徐阶所推翻。
张居正在万历元年出任首辅，也是因为内结司礼监冯保，逐高拱得来的。