到天启五年，1625年，，司礼监秉笔太监魏忠贤渐有擅权之势，与朝中东林党人矛盾日益尖锐，杨嗣昌为躲避政斗漩涡，遂称病挂冠，隐居家乡。
其父杨鹤亦被魏忠贤罢官，返乡与杨嗣昌一起隐居，过着优游林下的生活。
当时，后金侵犯明朝，辽东告急，军需吃紧，杨嗣昌留心边事，将他在户部参与财政管理的经历编为《地官集》二十卷。
现在韦宝与杨嗣昌见面的这个时间点，就是杨嗣昌父子快要暂时离开大明朝廷的节点。
天启七年，1627年九月，信王朱由检即位，是为崇祯帝。
不久后，魏忠贤被扳倒，杨鹤、杨嗣昌父子亦先后被起用。
崇祯帝还未登基时，就看过杨嗣昌的《地官集》等书，赞叹杨嗣昌的才能。
崇祯元年，1628年，杨嗣昌分巡河南汝州道，加右参政，不久后移霸州道。
崇祯四年，1631年九月迁整饬山海关内监军兵备道。
此时，他的父亲杨鹤因为总督陕西三边军务任上招抚流寇神一魁失败，被下狱论死，杨嗣昌闻讯后三次上疏请求辞职，以代父罪。
结果崇祯帝免了杨鹤的死罪，而改戍江西袁州，然而却没有让杨嗣昌辞职，还多次温言抚慰，激励他尽职任事。
翌年五月，杨嗣昌被任命为都察院右佥都御史巡抚山海关、永平府等处地方提督军务，他在任内整饬防务，修筑山海关两翼城。
崇祯七年，1634年九月，他被提拔为兵部右侍郎兼宣大山西三镇总督，赴任后六次上疏陈述边事，并主张开矿招工以瓦解乱党，多所规划，给皇帝的印象是异才可用。
不久后，杨鹤去世于袁州，杨嗣昌回家丁忧，一年后又遭继母丁氏之丧。
这时，关外满清入塞大掠，兵部尚书张凤翼畏罪自杀，崇祯帝决定起复杨嗣昌，遂于崇祯九年，1636年十月下旨夺情，命杨嗣昌接任兵部尚书。
杨嗣昌三疏请辞，崇祯帝不许，他便于崇祯十年，1637年三月抵京赴任，开始活跃于政治舞台的中心。
此时是1625年年底，杨嗣昌只有三十六七岁年纪，离四十岁尚且有一段距离，也就是说，再过十二年不到，杨嗣昌便将居于高位，影响整个大明的朝政和军事。
杨嗣昌出任兵部尚书时，明王朝已陷入内忧外患的泥潭中，清军多次入塞，威胁明朝京师安全。
高迎祥、张献忠、李自成等几十万起义军在中原流动作战，更是明朝腹心之患。
杨嗣昌莅任前的崇祯九年，1636年七月，陕西巡抚孙传庭在黑水峪大破起义军，生擒高迎祥，局面有所好转。
杨嗣昌在守制时关心时局，因此在出任兵部尚书后就已对明朝的未来有了详细的规划，加上他熟悉典章故事，工于笔札，富有辩才，每次皇帝召见时，都能思如泉涌，侃侃而谈。
与前任兵部尚书的呆滞木讷之状迥然不同，因此崇祯帝每次召见他的时间都远远超过规定时间，对他几乎言听计从，甚至惊叹：“用卿恨晚！”
杨嗣昌对明朝未来的规划可归纳为三点：一、攘外必先安内；二，足食然后足兵；三、保民方能荡寇。
其对策主要集中于前两点。
对于第一点，他认为天下大势好比人的身体，京师是头脑，宣、蓟诸镇是肩臂，黄河以南、大江以北的中原之地是腹心。
如今形势是烽火出现于肩臂之外，乘之甚急；流寇祸乱于腹心之内，中之甚深。外患固然不可图缓，内忧更不能忽视，因为它流毒于腹心，如果听任“腹心流毒，脏腑溃痈，精血日就枯干”，徒有肩臂又有何用呢？所以他主张先与清朝和谈，稳住京师附近的局势，专心致志、一鼓作气的剿灭农民军。对于第二点，他建议增兵12万，其中步兵74000人，马兵36000人，并增加饷银280万两，采取均输、溢地、寄监学生事例、驿递四个途径。于是崇祯帝在他的建议下先后向民众加派剿饷和练饷。
杨嗣昌所提的三点纲领，都是为了实现他“四正六隅、十面张网”的围剿计划来服务的。