墨菲斯来自于母体，他的思想局限于母体的安排。
到了后期，尼奥回到了万物之源，但是战争依然没有结束，所以墨菲斯整个人才蒙了。
这时候他才发现自己被骗了，他并不知道自己也是高级程序先知的一枚棋子。
自己所有的动作只是矩阵在自己潜意识中的安排，所以这个时候他的信仰崩溃了。
而女主角崔妮蒂是一个更悲催的人物，她在矩阵中的权限比墨菲斯要高，她可以复活尼奥，是这次矩阵升级的关键变量因素，决定这尼奥的思想行动。
崔妮蒂和尼奥的爱情，产生了矩阵不可控制的行为。这种行为进一步加剧了人工智能机器的危险，最后尼奥通过自我牺牲达成短暂的和平协议。
崔妮蒂表面上是一个自由人，其实是被高级智能程序先知控制的，思想的控制。
先知告诉她她会爱上一个人，然后她就偷偷的在母体中观察尼奥。然后假装爱上尼奥，然后真的爱上了。
这种爱情是人类思维意识的奇妙之处，身为高级程序的先知和建筑师并不能真正的明白其中的意义，产生的行为也是他们两个不能控制的，所以才产生了尼奥的反面程序史密斯。
尼奥是电影的主角。
他的本体是个电脑人，和千千万个矩阵中的人一样，他的脑部是改装过的，他有人类的基因，电脑人的接孔，思想完全受母体的控制，他的所有行动都被母体记录下来。
在纯种人类世界中，他是被人怀疑的救世主，在锡安反抗基地并不是所有人都相信他，主流的议会就不相信他，强势的指挥官不相信他，即便是飞船舰长中，很多人依然不相信他。
尼奥身上带着机械大帝和矩阵的所有权限，但是这种权限必须一步步才能得到，而且必须是有顺序有步骤的获得。开始的尼奥就是个普通电脑人，浑浑噩噩的过日子。
在矩阵的虚拟世界里对于上司的训斥逆来顺受。晚上思想千千万，早晨起来接着干，怀疑的思想虽然强烈，但是毫无作为。
而墨菲斯之所以救出尼奥的，是高级智能程序先知告诉他的。
从这一点可以看出，墨菲斯根本就是个洗脑人。
他看似有着坚定的信仰，但是不知道这种信仰的目的和来源。
这种信仰是程序先知告诉他的，先知有自己的目的。
所以墨菲斯就是个传话人，执行者，一个自以为掌握命运的执行者，这恰恰是先知和母体的目的和设定。
现在，罗森正在思考一个问题，那就是他吞噬同化虚拟世界里的“人”，真实世界里提供思想的真实人类怎么样了？
死了？
还是活着？
只不过没有等他思考清楚，耳边又传来了一阵枪响。
“哒哒哒！”
冲锋枪的子弹噼里啪啦打在一辆黑色轿车上，闪耀的火花飞溅四射。
即便如此，那辆车也没有停，而是猛踩油门，在轰鸣的引擎咆哮声里朝着罗森的方向飞速撞来。
“躲开，快躲开——！”
带着墨镜，留着光头的皮衣男子墨菲斯一边朝罗森方向跑来，一边对准轿车猛烈开枪，脸色满是焦急。
黑色轿车距离罗森只有十几米，只要他想躲轻易就能躲开，只是没有什么必要。
说时迟那时快，极速驶来的黑色轿车带着扑面而来的狂风，直接重重撞在了罗森的身上。