之后，在陆陆续续的小规模军事行动中，三师、四师一旦打下某个庄园，必然有政工人员组织庄园里的印第安人、黑奴什么的出来现身说法，然后再开诉苦大会，之后公开批判、处决罪大恶极的农场主……几次流程搞下来，广大的印第安士兵，对政委同志的信任和心理依赖，迅速的超过了以前的军事主官李自成和张献忠。
在拿到了军心，特别是让两个根据地里的普通印第安人彻底归心后，孙传庭才给李自成和张献忠发令：把你们的部队全都开过来！以前我们的任务是到处点火，让更多的印第安人知道我们的存在。现在斗争目标改变了：我们要集中力量，打下一座大城市，然后以此为根基，建立我们全新的根据地。我们要在这个根据地里，建立一个由印第安人当家作主，我大明官员做顾问并提供军火贸易的，真正的印第安人的国家！
在孙传庭看来，不管以任何形式建立一个印第安人的国家，在这个时候都是必须的了：李、张等人来了美洲已经八年了，蒂雅返回美洲更是超过了十年。在这么长的时间里，连个‘国号’都不亮出来，你怎么发动广大美洲的印第安人来参加你的队伍？
他是这么看的，也是这么做。但是他的这个决定，对于这些年自由散漫惯了的李自成、张献忠来说就非常痛苦了：这算不算把基业拱手送人？
可惜，此时的大明与历史本位面1636年的大明比起来，完全就是两个概念。而且和历史本位面上李、张二人率领的是汉人部队不同，这会儿他们手下九成九以上的都是印第安人啊——而且是被政委们收了心的印第安人！
所以这会儿李自成和张献忠心里有再大的不满，也提不起反抗的念头。在各种纠结痛苦后，最终还是老老实实的率领部队，找到最近的海岸线，登上大明海军的船只，最终来到利马附近登陆、集中。
在这长达大半年的整军、转移的过程中，孙传庭充分利用了美洲地广人稀的特点：在李、张二人转移前，让两人派出小部队，一路向北，一路向南，沿途尽可能的暴露行踪，表现出一种老子在这里坚持不下去了，要另外找地方发展的姿态了。成功的把拉伊蒙多和克伦威尔的主力从墨西哥城以及布宜诺斯艾利斯给牵走了。
到了1636年的4月，整个美洲兵团完成合体后，孙传庭下令：海陆合击，猛攻利马。
此时的美洲，对于本土只有一千多万人口的西班牙来说，实在是太大了。所以西班牙在美洲的殖民统治，只能是以城镇为核心，然后通过城镇派出规模不一的队伍寻找周边的各种资源，之后让印第安人和非洲来的黑奴去开采资源，或者是开建大型种植园。
这些城镇里，在西班牙还无力对北美有效开发的情况下，最北端的核心城市就是墨西哥城，南方就是布宜诺斯艾利斯。而中间的，就是利马。
现在，孙传庭就是要拿下这里，然后以此为据点，建立独立的印第安国家。
利马是港口城市，所以在这次攻城战中，为美洲兵团提供火力支援的，不是陆军常用的75mm后膛炮，而是海军五千吨级蒸汽铁甲舰上的二十余门150mm舰炮！
也正是因为如此，所以利马被破城的速度极快：4月13日发动进攻，17日就被拿下了。
虽说亨利大公最终还是在明军冲入城内前十分钟安全后撤了，但是利马的丢失，将西班牙美洲殖民地的陆上交通给打断了。这对于没有巴拿马运河的西班牙来说，是极为惨重的损失。
由于美洲大陆的辽阔，到了五月下旬的时候，墨西哥方向的拉伊蒙多和阿根廷方向的克伦威尔才收到利马陷落的消息。大吃一惊的两人除了率领各自主力折返外，也各自派出信使向欧洲的菲利普报告、请罪！