万历觉得张居正对此事应该还有话说，于是先叫杨俊卿退下，在殿外等候旨意。
杨俊卿退下之后，万历对张居正说道：“张先生，起来说话吧。”
“如今九边局势稳定，李成梁总兵辽东，屡立战功。若此时换将，臣唯恐引发辽东局势动荡，搜查李府一事还望皇上三思。”
张居正并没有起身，依然跪拜在地回奏。张居正的话说的很明确，如果要搜查李府，不管结果如何，肯定要先把李成梁从现在的位置上拿下来。此时张居正的施政方针是维持九边稳定，减少不必要的军事开支，先集中精力解决内政财政问题。
“如今承平日久，武备废驰，武将受制与文吏，能保持锋锐之气，临敌敢战忠勇之将官不多矣。还望皇上给予他们信任。”
张居正再一次把当前武将受制于文官的尴尬处境提了出来。如果今天万历因为这件事下旨搜查了李府，那些早已看不惯李成梁的言官文官们，肯定会恶狠狠的扑过来咬上一口。借题发挥、上纲上线可是他们的拿手好戏。一员敢于进攻善于征战的武将，可能就会因为此事而废了。
“先生快快请起。朕知道先生所说，皆是发自肺腑的深谋远虑之言。据杨俊卿所奏，此事应该是酒后胡闹，朕也觉得不必大动干戈。”
万历说走到张居正身边将他扶了起来，然后接着说道。
“正如先生所言，如今武备废驰，文贵武践。卫所之兵已经不勘驱使，能征善战之将不多。现在的忠勇之将总有一天也会老去，那以后大明靠谁来战呢？”
张居正自己就是世袭军户出身，朝廷里的很多官员也都是军户出身考取的进士。他们难道就看不到当前大明军制现在所曝露出来的种种弊端？可是除了上上奏疏指出一些面上的问题。根子上的问题，谁也不愿提，谁也不敢提。
军制的改变，涉及勋贵利益、世袭军官利益、文武相制的平衡，这里面的水太深了，谁也不愿意在这个问题上深究。
“彰武伯过几天会上奏疏、打算编练一个新的车营，验证新的装备和战法。车营人员编制、军饷开支，不走兵部，皆由内库拨付。先生您怎么看？”
万历见张居正对开始的问题保持沉默，于是接着问道。
“臣认为，可行。”张居正答到。
张居正心里很明白，皇上说这番话的意思是，这个计划早已经和彰武伯那帮勋贵达成了默契，而且这个车营要绕开兵部另起炉灶。刚刚皇上才对自己关于这个事件的处理意见表示支持，那现在自己能反对皇上的这个计划吗？
“另外，在边关没有什么警讯的时候，把戚继光、李成梁、刘显......这些征战的将军们都轮流叫到京里来述职。朕也要见见他们，让他们也给朕上上课。”