永历五年五月二十二，郑成功所部按照原定计划进入磁灶地区。随即，郑成功所部明军便开始收集粮草、税赋，一如半个月前进攻永宁卫城和崇武千户所城那般。
这是再正常不过的事情了，毕竟军无粮则散。更离谱的郑成功都做过，比如夺取厦门岛后，郑成功一度夺取了高浦寨，结果却并非是为了占据，仅仅是把寨子的砖石都卸下来运走，最后留了一个被夷为平地的寨子给清军。而那些被运走的砖石，则大多用在了修复五通寨以及郑芝莞修复中左所城的用途上了。
收集物资是郑成功所部向清军占领区发动攻势时几乎必做的事情，福建这边见识过太多次了，却也并不新鲜。然而，新鲜与否不重要，重要的是磁灶一带的地主们受苦了，郑成功收集粮草时，对穷苦百姓往往会网开一面，但是这些地主家里有粮有钱的，肯给清廷交税却不肯给明军纳税，这总是说不过去的吧。
这边郑成功开始收集粮草和赋税，那边地主们便派了人去向清军求援，以求减免损失。数日后，漳州总兵王进率一千骑兵、两千步兵抵达，便与明军对峙于此。
原本的漳州总兵王邦俊已经死在了盘陀岭，清廷以王进为总兵官，也是看上了永历元年的泉州之战，王进为泉州清军解围时的表现。奈何这位王老虎接下的却是个烂摊子，王邦俊被杀，近两千漳州清军失踪于盘陀岭，被杀、被俘，他们连个大概的数字也无，唯有重建。而他的对手，也不再是当年的那个初出茅庐的郑成功了，而是如今郑氏集团的新首领，带甲不下两万的国姓爷。
按照原定计划，郑成功以戎旗镇埋伏于磁灶山坑南，以援剿右镇埋伏于磁灶山坑北，以左先锋镇和援剿左镇埋伏于磁灶社内，另遣亲丁镇、前锋镇、右冲镇三镇诱敌。
镇守漳州府总兵官一职，前后二人皆是姓王。奈何，历史上的王邦俊先是在盘陀岭之战大败明军，阵斩柯宸枢，全歼中冲镇，随后在第二年又顺利的为潮州解围，逼得郑成功不得不重新下海，对郑成功心存不屑，才会误入包围圈。而今时今日的王进，虽然也曾为泉州解围，奈何他一不是王邦俊，二来郑成功这几年发展比之历史上要顺遂太多，前不久的马得功、黄澍不说，就连王邦俊的脑袋都已经用来妆点福建明军的功劳簿了，此时此刻的他是万万不敢再轻敌了。
王进一边在此保持存在，与明军对峙，一边派人回漳州向协守的福建左路总兵王之纲求援。王之纲本是高杰的部将，所部比之他的那些前流寇部下的战斗力更胜一筹。王进不敢托大，便在此对峙，只可惜郑成功从不是个不知变通的榆木疙瘩，此刻一旦发现王进不肯进入圈套，便立刻解除设伏，出动全军向清军发起进攻。
明军总兵力不下八千，是清军的两倍有余，王进透过探马，发现明军的编制似乎有些奇怪，仗着骑兵数量远胜于明军，择一宽阔适于骑兵发挥的所在列阵，借交锋权作试探，结果竟被明军轻而易举的击溃。
王进小挫即逃，清军仗着骑兵数量的压制力，不断的利用机动能力与明军周旋，最终带着大半的部下逃了回去，与刚刚出城的王之纲一同缩回到了漳州府城里。
磁灶之战，最终以明军取胜告终，郑成功更是击溃了多年前恨之入骨的敌军。唯独有些可惜的是，王进没有王邦俊那般骄横，没有进入埋伏圈，虽说同样是战败了，但是损失要少上太多，丢下了一些实在救不出来的殿后部队便逃之夭夭了。
斩获不及预期，但终究是一场胜仗，郑成功按照众将及各镇表现，以苏茂、林胜二镇为首功，甘辉官兵为副功，万礼、柯鹏官兵为又副功，照中敌赏格升赏。随即，率部返回厦门，结果刚刚回来便听说了施琅越狱而逃的消息，当即便是勃然大怒。
施琅其人，虽然权谋水平，或者说是情商方面不高，但是统兵、练兵的上面还是很有一套的。除此之外，施琅一度作为郑成功的谋主，对于郑氏集团以及郑成功麾下的这支福建明军的内情知之甚深，一旦为清军所用，危害极其巨大。
这方面乃是其一，更重要的在于，郑成功将看押施家父子、兄弟的任务交给了他的亲信部将林习山，结果人莫名其妙的没了。林习山对此一无所知不说，其副将吴芳的供词之中，也多有匪夷所思之处。比如来人持郑成功下发公文，吴芳为何没有仔细查看；再比如行至半路，吴芳一行人被打晕，一是来人为何没有杀他们灭口，二是他们被突然打晕，是一起被打晕的，全部都没有反应过来，就好像是商量好的一样，这些疑点无不是在暗示着林习山大有存在着监守自盗，派遣部将设计暗放施琅的可能。
郑成功盛怒之下，便要处死林习山，以儆效尤。林习山是郑成功的老部下了，追随多年，与众将的关系也都不错，此刻当即便有众将下跪请求郑成功收回成命。