永历九年四月，在定远大将军和硕郑亲王济度率领大军抵达衢州未久，清廷便任命了汉军旗固山额真石廷柱为镇海将军，统领八旗军进驻京口以加强长江的江防。
与此同时，操江巡抚李日芃也重点加强镇江附近的长江防务，以保障南京和南北漕运畅通：在镇江城外长江中的檀家洲近水处植木桩，水深处编木筏，环以铁索。在檀家洲相对的长江南北两岸和金山安置大炮。以阻截明军西上，在江南岸自镇江至圌山、北岸自瓜州至三江口更筑新堤，造木桥，以便军囦队往来巡逻。更命圌山、瓜州等四营守备，率哨船水师更番巡逻防御，以防不测。
诸多布置，无非就是为了防止二张再度杀入长江，威胁到南京和运河的安全。而这两处，也正是张名振和张煌言三入长江以来一度取得的两方面最大的战果。
但是，对此驻扎崇明的明军并没有因此而消停下来。七月初三，长江口的吴淞海面风大浪高，张名振率舰船七百余号，乘夜色于贰更时分突袭吴淞。
时，吴淞停有清廷日用千人、费时五年刚刚造成的二百余支战船，船上“器械粮饷毕具”。清廷原本计划于七月初五出征，借此驱逐崇明的明军，结果还没来得及动手，就先行被明军悉数缴获，未完工者则付之一炬。
随后，明军再度入黄浦江，在杨家嘴地方登陆，一直攻到上海县的东沟、铁链一带，威逼上海县城和松江府城。清军沿江堵御，一时猝不及防，明军旋即退回崇明。
明军在长江沿岸频繁出击，清军往往是顾此失彼。这样的局面，一直持续到了苏松提督张天禄因隐瞒兵败被革职逮京听勘，苏松水师总兵王璟因防范不利而被参奏罢官，清廷调来了浙江宁波副将梁化凤来署理苏松总兵之职，才算是告一段落。
梁化凤，字翀天，陕西长安人。顺治三年武进士。曾从阿济格攻姜镶，因功于顺治八年借补江南芜永营参将，素以能征善战著称。张天禄、王璟已是宿将，但却实在拿明军的优势水师没有太大的办法。可是这梁化凤一旦到任，很快就将立足于此已近两载的明军赶出了崇明，几乎没有费太大的力气。
崇明不复，明军在长江口就失却了立足之地。很快的，到了九月，清廷在苏州、常州两府沿江复设福山、杨舍、江阴、靖江、孟河、永生诸营，并在沿江一带增设防汛兵丁1800名。如此，江防进一步得到了巩固，而没有崇明作为立足点，明军在长江也无法站住脚跟，只得退而南下返回福建。可也就在这个时候，张名振和张煌言却得到消息，说是郑成功又派出了一支大军北上，前来配合他们展开对南京的攻势。
然而，自家人知道自家事，张名振和张煌言已经在梁化凤面前碰了壁，清廷在这期间也不断的加强了长江的江防，再想要如去年三入长江那般深入，只怕是已经不可复制了。于是乎，在经过了简短的交流后，从崇明南下的张名振、张煌言，以及从福建出击的北上大军决定将目标调整为浙江沿海的舟山群岛，那一处鲁监国朝曾经的行在。