还有募兵制的发展，使得兵部有了跳出五军都督府管辖的兵力，进一步使得五军都督府名存实亡。
卫所制度的崩坏，导致各地卫所由自给自足变为依赖兵部户部拨款供养，地位进一步降低。
等等一大堆理由，反正到了崇祯这里，五军都督府更像是一个武官和勋贵的养老机构。
就连都司卫所任命官员呈送五军都督府的步骤都直接省去，这使五军都督府彻底丧失了武将官员的选拔任命权。
后来崇祯更是宁愿练太监当兵都没有想起来过五军都督府。
但是现在又不一样了，朱慈烺自从提出了把卫所改造成屯垦殖民部队之后，崇祯也记起来他还有两百万卫所士兵可用。
而且大明有钱之后，原本各种拖欠的款项也能及时还上了，而且朱慈烺根本不可能把这个钱在拨给户部和兵部，让户部和兵部漂没两层在发给各卫所。
所以五军都督府意外的又掌握了一点小小的财权，这只要有了权利，这些人就好像活过来了。
而且朱慈烺建立了勋贵讲武堂，最后扩大到所有卫所，但是当初的勋贵讲武堂底子，第一批学员还不是他们这些勋贵之后。
很明显朱慈烺是要大用勋贵的，对于卫所子弟的在培养，朱慈烺虽然扼住了人员安置的命脉，不过五军都督府在协调配合的时候自然也有参与的机会。
而且讲武堂说到底里面都是卫所的人，这些人很大一部分是要回去继承卫所的家业的，即使不回卫所在新军中那也有一份好前程。
所以下面的人为了这样一个上讲武堂的机会，又开始想办法走动五军都督府的关系。
也就是说，以前的清水养老衙门，现在依然靠着朱慈烺对于卫所制度期待复苏了过来。
特别是朱慈烺的提议让崇祯觉得卫所有利可图，打算纳入皇家直管之后，崇祯这次干脆不问户部和兵部直接让朱慈烺跟五军都督府一起把事情就办了。
要知道原本五军都督府有统兵权而无调兵权，兵部拥有调兵权而无统兵权。五军都督府和兵部相互节制互不统属。
崇祯这样做等于就是赋予朱慈烺原本属于兵部的调兵权，虽然紧紧限定在五原和朔方十卫的补充。
但是谁知道这以后会不会成为常例呢？在朱慈烺看来这是必然的。
这样一个问题皇上跟太子两人商量了一下就解决了？不过满勇又觉得不对，改成卫所制能化解两族的矛盾么？
满勇小心的问道：“陛下，太子殿下，臣愚钝，臣觉得好像设立卫所并不能改变两族矛盾吧？”
朱慈烺微微一笑：“怎么不能，现在再五原和朔方的汉人只有五万，若是增加到二十万，三十万，那时候不就不用担心矛盾了么？”
是这样么？满勇觉得太子的话好像意犹未尽，朱慈烺接着说道：“现在蒙古人聚集在河套，是因为建奴的袭扰，等建奴被控制之后，这些人中的一部分还是要回到草原生活，到时候留下的都是会种田的蒙古人，几代人之后，他们自然就会忘记自己的身份。”