康熙派遣使者到阿拉布坦那里通好，噶尔丹的部署半道截击他们，幸亏容若带着的队伍机灵，变装和商人队伍一起，逃过一劫，全部行李却都被劫走了。此外，噶尔丹还挑唆其他人背叛大清，阻止西藏ban禅入京，甚至在私底下大喊着要向康熙宣战。
康熙也觉得，时机差不多了。
康熙三十五年早春，康熙准备充足的粮草朝西部运送，沿途各个蒙古部落准备好驿站马匹换乘，保证运送粮草的速度。
三月初二，他命令黑龙江将军萨布素率领近万名清军组成东路大军，由抚远大将军董鄂费扬古、振武将军孙思克率陕甘宁地区近的5万清军组成西路大军，康熙自己亲率3万多清军组成中路大军浩浩荡荡地向大漠进发。
这一次，排行到八的皇子，除了太子监国，其余都跟着。
对比上一次的三军出发大典礼，康熙很低调。
但将士们的士气更猛烈了。
“天戈万里下风霆”，送行的大清文人写诗作赋，描写的就是康熙这支大军横扫叛匪的雷霆万钧之势。
五月初，当大军到达科图时，有传言说噶尔丹已经逃走了，远远地不知躲在什么地方。扈从大臣佟国维、索额图、伊桑阿等人反复启奏，希望康熙能够班师回北京，留下西路兵对付噶尔丹就行了。
康熙有一个特点，一旦做出了决定，一定会坚持到底。对于大臣们的意见，康熙很愤怒，严厉地斥责了他们。康熙一般很少这么当众愤怒的，可这时必须愤怒，佟国维、索额图这些人的想法并不是少数人的想法，很可能代表了大多数人的心理，一旦这种心理蔓延开了，一定会影响士气动摇军心。
西路军久久没有到来，大臣们开始议论纷纷，有的说中路军应该暂缓前进，等待西路军的到来。有的说不用等西路军了，为了防止噶尔丹窜逃，应该火速出击。
六阿哥出主意“汗阿玛，稳妥起见，儿臣有一个想法。”六阿哥和康熙嘀咕，康熙命人带着礼品前往噶尔丹的驻地巴彦乌兰，在敕书中，康熙告诉噶尔丹“朕的大军已经向你逼近，希望你好自为之，朕不忍生灵涂炭，还想给你一次机会，你自己过来与朕会盟吧”
噶尔丹还不相信康熙会亲自率军到此，他放声大笑的说“哪能来得那么容易”可是，等他跑到孟纳尔山上眺望，瞥见军营中果然挂着龙旗，还放着皇帝乘坐的銮车。在御营之外有帷幕围起来的皇城，皇城之外又有网城，旗帜飘扬，军容整齐。噶尔丹大声惊呼“简直是天兵从天而降。”
克鲁伦河边的北孟纳山，看到河南岸清营黄旗龙标，十分鲜明，大军屯集，漫无边际。
噶尔丹吓得六神无主，不由得自言自语起来“哪能来得那么容易哪能来得那么容易”
随后，噶尔丹逃回军营，当天晚上，他就丢下帐篷辎重等，率领部众向西逃去了。
正如康熙和六阿哥所料，噶尔丹带着部队拔营逃跑。噶尔丹中计了，康熙和六阿哥之所以设这么个计，其实是没有完胜的把握，需要噶尔丹逃窜，自乱阵脚。
次日清晨，清军前来决战，只见噶尔丹的大营已空无一人。康熙得知噶尔丹逃走，立即派人通知西路军费扬古火速设伏阻击噶尔丹。康熙自己又率前锋追击了三日，至拖诺山才返回。当噶尔丹军退至特勒尔济时，仅剩万余人。
可能老天爷注定了，要噶尔丹必须英勇地打完他人生的最后一仗。
5月13日，西路清军在昭莫多山下设伏，噶尔丹仅剩的万余骑兵全部出动，被居高临下的清军一番攻击，董鄂费扬古又令清军一部迂回冲锋，一部突袭其后阵，山顶的清军亦乘势冲下，上下夹攻，噶尔丹主力大军大部被歼。
战争中，噶尔丹军心大乱，仓皇溃逃，清军四面追击，杀得敌人丢盔弃甲。这次战役中，噶尔丹损失两千士兵、三千妇人，清军俘获的牛羊和财物更是数不胜数。噶尔丹的妻子阿努也在这次战争中阵亡，噶尔丹逃跑时身边只剩下几十个骑兵。
这一次，恰好又是四爷带着人追。
四爷恨不得给自己一巴掌，叫你脑袋瓜反应这么快噶尔丹发现是四阿哥带着的人，和上次一样调转马头，一副要打杀他的气势。
四爷恨不得大喊你快跑啊。你是不是知道爷的弘历将来收复你的领土，打定主意要杀爷
格斯泰等人护着他，四爷举着望远镜瞅着噶尔丹剩下的人马拼命的架势，真想大喊一声你快跑吧。爷不敢杀你还不行吗。
可是噶尔丹他就是不跑。
四爷着急啊。
现在的局势下，他真不敢有抓住噶尔丹的大功劳。可他又不能表现出来，眼见护卫自己的人英勇无比地反杀，情急之下，一拍马屁股，好像记得这里也有沼泽地，马儿马儿，我们一起掉一掉。可也不知道怎么回事，越是着急越是找不到沼泽地。
眼看他带来的人要将噶尔丹杀得一个不留了，四爷顾不得了，大喊一声“格斯泰”
格斯泰一愣，遥遥地望见四爷急切的俊脸，蓦然一个激灵，虚晃一枪，要噶尔丹的一个忠心护卫抓住机会，带着噶尔丹打马就跑。