7月17日，南直隶苏州府、松江府、常州府，以及浙江承宣布政使司宁波府、绍兴府，濒海地区又发生大风雨，海溢伤害庄稼，淹死人畜不计其数。
同时明太子太保兼武英殿大学士许国，上疏称“今四夷交犯，而内外小臣争朝务攻击，致大臣纷纷离去，谁能再为国效力请申谕诸臣，各修职业，不得意气用事，攻击大臣。”
明神宗朱翊钧，得知后，立即告诫六部和都察院官员们，下令道“近来或卑凌尊，或新间旧，或僚属而制官长，或长吏而排阁臣，致使国事纷纷，朝纳混乱，大臣解体，争欲去官，国无其人，朕与谁共理国事今后再有肆行诬蔑大臣者将重治不贷。”
7月24日，明福建按察佥事李琯，上疏弹劾论前任明内阁首辅申时行，十大罪其一；明盐城县训导庞尚鸿，奏寿宫明神宗选择的陵墓有水、不吉利，但明内阁首辅却置之不理。其二；倡言陛下欲另立皇太子，谋拥立之功。其三；请陛下下诏禁言路。其四；将明南直隶国子监司业刘应秋、明广东布政使司右参议章守诚、明南直隶吏部验封清吏司主事蔡时鼎，告发自己罪状的奏折留中不发，其欺君罔上行为甚于张阁老。其五；其子申用嘉，假冒籍贯，中浙江承宣布政使司乡试、其婿李鸿，假冒籍贯纳监，村民沈璟强、汪让，代为取中。其六；纵容家人宋九通，贿纳京卫经历使司，未尝历俸，竟得双封。其七；受明兵部右侍郎兼都察院左副都御史郜光先，之贿金，而私授他为总制陕西三边总督军务官职，致使敌寇盘跨两川。其八；私收明辽东总镇总兵李成梁，贿金为他掩盖败绩，阵亡八百人，竟反以奏捷议赏。其九；为明湖广巡抚兼都察院右副都御史秦耀，报私怨，而暗中排挤明吏部尚书宋琯，为明金门备御千户徐春时，复私仇，而排斥明吏科左给事中张养蒙。其十；接受被罢官回府听候处理的明漳州府知府胡继新，之珠宝而私自将其留用，接受因罪被审问的明神武中卫指挥佥事李时孝，之宝玉，而免去其罪。
最后还列举了明文渊阁大学士王锡爵，的诸多不法事件，称其与前任明内阁首辅申时行，是；同恶相济、宜并罢斥，以正欺蔽之奸。
在明福建按察佥事李琯，将奏折呈上去后，明武英殿大学士许国，立刻辩说法司弹劾阁臣无先例。
于是明神宗传令由；六部、六科，进行私议，处决把李琯革职为民。
8月初9日，南直隶凤阳行都督府泗州以及泗州卫大水，淹没卫指挥所公署三尺深，溺死军民无数，且浸及凤阳行都督府祖陵〈孝陵卫〉。
为此明工部尚书曾同亨，奏报此事上朝堂惹得群臣们议论纷纷，明神宗遂命明工科给事中张贞观，前往凤阳行都督府泗州卫勘视水势。
9月12日，河套打儿汉子部首领土昧，与河套永谢部首领唐兀明安，打算向朝廷提出互市请求，复开临边要赏，声犯内地以求赦书。
这引起了坐镇在陕西承宣布政使司的，明兵部尚书兼陕西三边总督魏学曾，的注意他特地传令让，明延绥总镇总兵杜桐，率军出击斩杀河套永谢部首领。
很快明延绥总镇总兵杜桐，就与明延绥总镇巡抚贾仁元，用计先出兵奇袭河套永谢部逼出首领追击。
在让明榆林卫右参将张刚，出延绥总镇镇羌守御千户所神木县，明镇羌守御千户所游击将军李绍祖，自延绥总镇孤山堡出击，主力方面由明延绥总镇总兵杜桐，率领轻骑自延绥总镇榆林卫，三道并进夹击敌寇。