接着他又进军攻打噶斯与次布尔哈屯两处，罗卜藏丹津西逃，岳钟琪率军追击，部落首领彭错等人来降，他命守备刘廷言带兵在前，自己率军在后。
部落首领吹因投降并报告了罗卜藏丹津所藏地，岳钟琪率军于黎明抵达敌军驻地，围歼大败敌军，生擒罗卜藏丹津之母阿尔太哈屯等诸台吉，叛军首领罗卜藏丹津改换女装逃走。
刘廷言等也抓获了吹拉克诺木齐等人，之后岳钟琪进军抵达桑驼海，不见敌人才返回。
岳钟琪带兵出师15日，共斩八万多敌军首级。
凡是帮助罗卜藏丹津反叛的大部落长都被擒获。青海至此平定，雍正特授岳钟琪三等公，赐黄带。
雍正二年四月，岳钟琪率部剿灭罗卜藏丹津之后留守西宁，当时，谢勒苏番众作乱甘肃庄浪卫，岳钟琪率军两万兵分十一路向甘肃庄浪进军。
他用军队主力围住谢勒苏番众的大本营，谢尔苏被剿杀，只剩二百多余番众逃走。
岳钟琪后又进攻与谢勒苏有所联合的番众，他选出二十名擅攀爬者趁夜色潜入石堡城，城内兵众毫无准备，被岳钟琪带队里应外合直接拿下。
战后岳钟琪继续搜剿抓获二千多人，剩余党羽投降，岳钟琪受降并安置了这些人，事后上奏朝廷，并建议改庄浪卫为平番县。
雍正帝下旨再授岳钟琪兼甘肃巡抚，督办甘肃、青海两地军务政要。
雍正三年四月，年羹尧被解除兵权，雍正改授他为杭州将军，而岳钟琪也被命令上缴奋威将军印，被任命为川陕总督。
任职期间，岳钟琪上奏请求恢复河州、松潘互市；
又整肃川陕官场，肃清官风。
他视察民情，于雍正四年冬奏请摊丁入亩减轻川陕百姓的负担。
后于雍正五年春，他主持调节少数民族首领之间的领地纠纷，在当地推行改土归流之策。
雍正五年秋，成都有人散播谣言，称岳钟琪将要带兵造反。
岳钟琪听闻后上奏此事，表明清白。
雍正帝命人严查，查出是一个寄居四川的湖广人卢宗因为私事造谣，幕后无主使者，于是论斩此人。
雍正六年，道士李不器捏造岳钟琪谋反，雍正帝不相信谣言，于十二月初十下谕旨还岳钟琪清白。
过了一年，又有湖南靖州生员曾静，派其徒张熙致信岳钟琪，劝他一同造反。
岳钟琪设计抓捕二人并上疏此事，雍正帝褒奖岳钟琪忠心。
当初罗卜藏丹津败走后投奔准噶尔，大首领策妄阿喇布坦接纳了他。
“雍正七年，策妄阿喇布坦死后，噶尔丹策零继位，多次侵掠喀尔喀诸部。”
“岳钟琪被任命为宁远大将军，奉旨西征讨伐。”