于是明瑞和阿桂分别率军南北围困，最终城内敌军粮尽，擒额色木图拉投降，
但是乾隆帝认为，阿桂在平定乌什叛乱中，迟延并且有损朝廷威仪，夺去其官职，命驻守雅尔城，
不久又罢免其尚书之职，让其到伊犁帮助明瑞处理政事，阿桂则奏请将雅尔城移到楚呼楚
乾隆帝允许，乾隆三十二年，阿桂被委任为伊犁将军。
乾隆三十年，清军已经开始对缅甸用军，但是接连不利。
乾隆三十三年新任云贵总督明瑞征缅兵败，自尽身亡。
同年二月，乾隆皇帝再次出兵，任命傅恒为经略，阿桂、钮钴禄阿里衮为副将军。
同年六月，阿桂以兵部尚书身份任云贵总督；
同年十一月，阿桂抵达云南永昌后，便与阿里衮率军攻取缅甸旧都木梳。
阿桂在蛮暮督促湖广船匠建造战船，准备从金沙江进攻缅甸。
阿桂上奏到傅恒到前线之后，再行进攻老官屯，并重点说明了军粮不足的情况，此举被乾隆皇帝认为是怯懦，免去阿桂副将之职。
同年九月，傅恒来到前线，清军开始三路出兵，阿桂在率领新打造的战船出大金沙江，与傅恒等会师。
“阿桂先是伏兵于甘立寨，取得了一些胜利，最后与其他两路清军一同围攻老官屯。”
“因为缅甸极力抵抗加上清军水土不服，士兵大量病亡，副将阿里衮病故，傅恒身患重病，乾隆皇帝命令阿桂全面负责撤兵事宜，乾隆三十四年阿桂与缅甸方面议和。”
“同年十二月阿桂被任命为礼部尚书，留下善后。”
“乾隆三十五年，阿桂兼任镶红旗汉军都统，奉命到腾越待缅人入贡，并派遣都司苏尔相拿着文书前往老官屯和缅人交涉，被缅人扣留，”
“并且给了回信要求归还木邦等三土司，乾隆帝罢免了阿桂的尚书和都统官职，”
“乾隆三十六年，阿桂上疏请大举征缅，并入朝陈述机密，被乾隆帝下诏问责夺取官职，仍留在军中效力。”
“乾隆三十六年，清朝军队对大小金川的征讨不利，乾隆帝命大学士、定边将军费莫温福自云南赴四川进兵征讨，阿桂随军奔赴金川战场。”
“同年十二月，阿桂代理四川提督，清军分两路进攻小金川，阿桂随温福自汶川出西路，阿桂领军一路冲杀，连克巴郎拉、达木和巴宗各寨。”
“次年二月，阿桂从西路进攻喇卜楚克，成功攻破并夺取普尔玛寨，同年七月总督桂林在墨垄沟失利，被夺职，阿桂被任命为参赞大臣到南路去进剿敌军。”
“阿桂到南路之后，趁着敌军懈怠，派军潜入到墨垄沟，在夜里趁着大雾占领此地，攻入僧格宗，毁掉敌军建立的碉堡，歼敌无数，被授予副将。”
“接着阿桂和其他将领一起向美诺进军，在十二月攻克美诺都喇嘛寺，小金川首领僧格桑只得率残兵向大金川逃窜，清军命令大金川首领索诺木交出僧格桑，遭拒，于是阿桂等奏请三路进攻大金川。”
“乾隆三十八年阿桂等一起进攻大金川，起初清军连夺叛军几个碉卡，进展颇为顺利。”
“温福指挥失当并战死，战局发生逆转。索诺木击败温福军后，乘胜占据小金川。”
“阿桂闻变，毫不慌乱，亲自断后，将所部安全地撤至达河。”
“清军兵败，乾隆大怒，调锐健和火器营，任命阿桂为定西将军，阿桂指挥清军攻下资哩，攻克美诺，七天就平定小金川，”