梃击
梃击案
梃击案发生于1615年万历四十三年五月。一天，有个男子手持枣木棍，从东华门直奔内廷，闯入皇太子常洛居住的慈庆宫，打伤了守门的侍从，一直闯到前殿檐下才被抓住。神宗下令审讯。负责审问的浙党官吏，说这个名叫张差的男子是个疯颠病人，企图糊涂结案，而内阁首辅、浙党首领方从哲也不提出深究。东林党人、刑部主事王之寀通过单独提审和与刑部许多官员共同审讯，迫使张差供出是名叫庞保和刘成的两个太监，“令我打上宫门，打得小爷指太子，有吃有穿”。这两个太监是郑贵妃宫内的。朝中的东林党人和不少官员据此推断，这是出于郑贵妃及其兄郑国泰的阴谋，于是坚决要求彻底追究。神宗只得亲自出面，在慈宁宫召见群臣，下令立即将张差斩首，又把郑贵妃宫内参与此事的两个太监在内廷打死，草草了结了这件大案。而王之寀遭到反东林党一派官吏的攻击，神宗将他削职为民。
红丸
红丸案
1620年万历四十八年七月，神宗病死，皇太子朱常洛继位，是为光宗。1620年万历四十八年八月，光宗得病，宫廷医生崔文升进了泄药，光宗服后病势加重。鸿胪寺丞李可灼自称有“仙方”，光宗服了他进奉的两颗红丸后，不出一天，在1620年万历四十八年九月初一日突然驾崩，于是廷臣大哗。首辅方从哲还拟旨赏赐李可灼白银五十两，更激起了朝臣的责难。东林党人杨涟、惠世扬、高攀龙等先后上书，指出故意用泄药的崔文升是郑贵妃心腹，责问方从哲为什么加以庇护。还联系梃击案，声称张差谋逆，是郑国泰主谋。由于郑氏集团和方从哲的阻挠，此案未予追究，直到1624年天启四年，朝廷才判处李可灼遣戍，崔文升贬谪到南京。
移宫
移宫案
光宗刚刚继位时，郑贵妃为了控制他，将自己宫中的李选侍选侍是没有封号的宫嫔送给光宗，很得光宗的宠爱。光宗死后，由十六岁的皇长子朱由校继位，李选侍也应立即迁出宫内正殿乾清宫。李选侍企图挟制朱由校以弄权，仍与朱由校住在乾清宫，不肯迁出。她还让心腹太监盗窃宫中珍宝去贿赂首辅方从哲；又放出空气说皇长子年幼，宜由李选侍以太后身分垂帘听政。东林党人杨涟、左光斗等人指出，皇长子已经成人，并揭露说，这是“将借抚养之名，行之实”。惠世扬更大胆指斥“李选侍原为郑氏私人，丽色藏剑”，并指责方从哲通过内监得贿，同她勾结。在这场争议中，郑贵妃、李选侍、方从哲不仅理亏，而且他们当时还没有掌握最高权力，所以东林党人终于占了上风。李选侍移出了乾清宫，朱由校在东林党人支持下，摆脱了郑贵妃、李选侍的挟制，于1620年万历四十八年九月初六日即位，是为明熹宗。
争京察