小智和艾莉丝以及小春，小遥，小光，为了解救被火箭队带走的达克莱伊，于是凭借着小智的波导之力追了上去。
只不过在追击的途中，他们突然被一股不祥的漆黑波动所扫过，随后通通的陷入到了昏睡当中。
还在小智的意识里，已经过去了十年之久，甚至小智都还没反应过来，那10年的记忆就如同滔滔江水一样，进入他的脑海里。
在这10年中，他赢得了世界锦标赛，成为了这个世界排名第一的训练家，但是这跟他的梦想成为神奇宝贝大师相比还差得很远，于是在赢得世界锦标赛以后，小智继续出发，开始围绕着神奇宝贝世界旅行了起来。
这一次旅行足足持续了十年之久，在这场旅行当中，他认识了很多人，也看到了各种各样的奇观，认识了不少的神奇宝贝们，和他们成为了朋友。
然而就在小智还没有吸收完这一次10年之久的记忆的时候，下一瞬时间过去了30年。
在这30年当中，小智继续在神奇宝贝世界旅行，结交朋友，认识那些认都认不完的神奇宝贝们。
此时小智已经40多岁，他已经结婚生子，儿女甚至已经长大，而他的一些长辈们，比如大木博士，也在这段时间当中去世。
因为大木博士的去世，小智曾经陷入了一段时间的迷茫，他是第1次感受到自己深爱的一切开始慢慢的从自己的身边消失，小智更有一种感觉，从大木博士开始会有陆续他所珍视的人离开他。
果然就和小智感觉得到的一样，下一瞬间，时间向后又飞快前进了50年，小智来到了60多岁，此时他的儿女们也都纷纷成家，甚至连他的孙子孙女都已经长大，成为训练家开始冒险。
而在这过程中，有不少他以前所珍视的长辈也纷纷去世，其中的代表就是他的妈妈花子，还有他的精灵巴大碟夫妇。
然而小智还来不及从那些记忆当中缓过神，时间又悄然再次加速，这一次离开小智的更多，以往的朋友们甚至是跟他同龄的人，一开始陆续离开他，而就在此时太一的一句话，突然出现在他脑海中。
“不用悲伤小智，我曾经跟你说过吧，跟我绑定，你就会得到永生，以后你的记忆当中，像这样的生离死别多的去了，抓紧把握现在，守护好你爱的人，好好珍惜他们才是你应该做的事，所以不要悲伤……永生可能不是什么祝福，而是诅咒。”
还不等小智想通太一这句话的意思，时间再次悄然加速，无数的记忆再次涌入他的脑海，这一次离开的人更多，他记忆当中的儿女们，甚至是包括皮卡丘，也开始陆续离开他。
“等等……停下来……停下来……别走……大家别离开我……不要……”
然而还不等小智，抓住那些即将消散的身影，他所珍视的一切，就连是那些传说级别的神兽，他们也开始悄然进入到了生命的倒计时，然而小智却伴随着，太一不断的升级，寿命不断的增加，活得越来越年轻。
直到最后，小智身边没有一个熟悉的人，不应该说还有俩，而他们分别是太一和阿尔宙斯，此时他们曾经所身处的世界早已因为寿命而崩坏，现在太一和阿尔宙斯正在商量开辟一处新的世界。
只是小智此时已经有些麻木了，他此刻已经不会做任何事，就像是一个木头一样，静静的站在那，脸上没有任何表情，无奈的很，就像是将这一切全部都看透一样，不再挣扎，不再迷茫，不再渴望，什么都不做，就静静的待在那里。