“祖制以尚书、侍郎或右都御史协理京营戎政，使京营不至太过败坏。”
“陛下改为专督京营侍郎后，却一直没有任命。”
“如今京营之兵，多有虚冒，新设的护军都尉不能制。”
“请陛下任命专督京营侍郎，或者护军都尉之上的护军使。”
对于这个职位一直空缺，文官是很不满的。他们不允许京营这支力量，不受文官控制。
朱由检想到历史上明年发生的己巳之变，觉得无论还会不会发生，京营都需要整训，至少要有守城能力。
所以他打算严加整训京营，去年任命抚宁侯朱国弼担任神机营提督，就是在为这个做准备。
但是朱国弼整顿神机营的效果，不能让他满意。朱由检思索之后，觉得还是要用文官打破当前京营的格局，遂道：
“专督京营侍郎，改为京营护军使，兼任兵部侍郎。”
“袁卿有没有人选推荐？”
袁可立早就和左副都御史李邦华商议过，属意他担任此职。李邦华闻言立刻站出，陈述治军方略：
“京营之弊，首在虚冒占役。”
“臣以为当裁虚冒、清占役、补军伍，使京营的士兵，能按定额满员。”
“再则节马差、省马军、炼神器、习飞石，使京营之军，参照新军编练。”
徐光启练新军的事情，京城官员多有关注。如今在训练了数月后，渐有强军气象，得到很多官员称赞。
李邦华的治军方略，便有学习新军之处。再加上他勇于任事，敢提出裁虚冒、清占役，这让朱由检颇为赞赏，说道：
“李卿在京营上用心了，这个京营护军使，朕看你可以胜任。”
“按护军使推举办法，由朝廷九卿廷推，兼任兵部右侍郎。”
把这个职位从之前需要大臣廷推的侍郎，转为九卿廷推的护军使，以便能更好把控，以后调换人选。
群臣因为专督京营侍郎一直以来的空缺，急着让文官担任此职，所以也没有纠缠这一点。李邦华在袁可立等人推荐下，成为京营护军使。
然后他又提议，请求从户部、兵部、工部各派遣一员主事到京营任职，把钱粮、兵马、器甲的事情，尽皆由文官负责。
朱由检虽然觉得这样或许有好处，却还是毫不犹豫地否决。他不能让京营的权力，完全被六部掌握。
对于失望的李邦华，朱由检安抚道：
“京营护军使可成立护军司，与地方护军府分成三署不同。护军司仿照锦衣卫南司房，设立司务厅、职官厅、后勤厅、装备厅、训练厅，由护军校尉负责，京营护军使直管。”
“以后京营的日常事务、官员升降、编制员额、后勤装备、训练动员，都要经过护军司。”