但是秦始皇作为一个特殊的皇帝，显然是不能简简单单就放在偏殿祭祀的。
不说皇帝的称号来源于秦始皇，按照前段时间朱由检定下的天朝说法，夏商周之后第一个天朝，就是由秦始皇开启。
这样的皇帝不放在帝王庙正殿，还有哪个皇帝能配？
朱由检道：
“秦始皇开创帝制，此后汉朝制度，对秦制多有借鉴。”
“他的开创之功不可磨灭，应该放在帝王庙正殿。”
这在他看来是理所当然的事情，如同秦皇汉武，一直并称一般。
群臣却对此很不习惯，因为秦始皇的名声太差了。
儒家六经都因为他不全，产生了今文、古文之争。只要是信奉儒家的臣子，就没有人愿意把他放入帝王庙正殿。
他们纷纷引经据典，说明秦始皇是暴君。这样的君主功业再高，也不应该放在帝王庙正殿。
但是也有人觑到了皇帝的想法，开始附和皇帝，杨景辰道：
“三代之治久远，秦始皇开创的天朝，实为可望可及的第一个天朝上国时代。”
“若是秦始皇不在帝王庙正殿，臣不知还有哪位帝王当得起？”
“就连汉初君臣，也不过是沿袭秦制而已。”
显然，他看出了皇帝对秦始皇的推崇，在这里为秦始皇做辩解。
群臣面对这种迎合皇帝的言语，当然是纷纷斥责。
他们最大的理由，就是夏商周三代是天朝，秦朝纵然是天朝，也称不上特殊的时代。
不过要问他们夏商周三代之治具体是什么样，这些人又说不出来。
支持杨景辰的臣子越来越多，一些人开始认同，秦朝是第一个可望可及的天朝时代。它不像三代之治那么遥远，如同雾里看花一般。
这样开创天朝的君主都不能在帝王庙正殿，实在是有些不应该。
朱由检听着他们的争论，慢慢有了想法，向群臣道：
“中国历史如此之长，单用朝代划分有些太繁。”
“朕以为，古代史应该分期，分成太古、远古等时代。”
仿照后世的历史分期，开始给古代史分时代：
“太古洪荒远不可考，没有留下文字记载，现在只知道那时使用石器、陶器，使用结绳记事，还有城邦部落存在。”
“远古之时，三皇五帝治世，黄帝采首山铜铸鼎铸剑，说明那时开始使用铜器。在仓颉造字之后，更是有了文字记载。”
“但是因为时间太远，他们的事迹大多不可考，夹杂在神话传说之中，可以称为传说时代。”
这个说法，群臣是认同的。他们也不认为有关三皇五帝的记载全都是真实的。甚至三皇五帝都有很多说法，如今帝王庙中采用的不过是其中之一。
所以，太古史和远古史就不是完全的信史，史书的内容只是按流传下来的经典编撰。
远古之后就是上古，朱由检道：
“夏商周三个朝代，可称为上古三代。”
“这三代留下的记载更多，还有很多青铜器、玉器、竹简被发掘出来。”
“尤其是周朝的历史，相对最为清晰。”
“在国人暴动和共和行政之后，更是能精确到每一年。”
“编年史的内容，主要从此开始。”
这个提法，群臣也没有多大意见。甚至他们在平时，都用上古三代称呼夏商周。
很多儒家士子的理想，就是恢复三代之治。
然后朱由检借着这个概念，开始借题发挥。在上古三代之后，提出中古三代：
“秦灭六国之后，东周战国结束，上古时代也至此而止。”
“秦朝废封建、置郡县，实行中央集权，此为中国历史一大变。”
“车同轨、书同文、度同制，树立天下一统的规范。”
“工具也从铜器转向铁器，开垦出更多的私人土地，公有的井田制瓦解。”