同月，天子束发，归长安。太祖既至长安，群丑震怖，王允联诸逆相约谋太祖，重申旧誓。未几，与会者八人，出首者四也。
同月，闻西凉叛。
汉建安五年秋，七月廿三，太祖西征过长安，公卿请为大将军，不应。将复请，外戚城门校尉董承、左中郎将伏完、右中郎将王斌忧之，相约为乱，起兵攻武库不得，事败见诛。左右复请杀王氏二子，并入宫处置董、伏二贵人。太祖喟然对曰：“吾负汉室行数载至此，虽得善始，不能善终，已多愧矣，焉能为区区意不平复违臣节？”左右虽应之，多不值也。
九月，过汉阳，凉州士民多自从之。
同月，破马腾。
十月，降韩遂，令出玉门，经营西域。凉、臧十二州遂平。继伐汉中。
十一月，天子出奔，自清明门东行，太尉刘虞在门前止之，伏地请归，尽言不可行，不听，再止，乃令矢之，中，然后匆匆之去。三日，虞遗子和曰：“吾闻前卢子干死是谓子曰：‘勿以恶小而为之，勿以善小而不为’，深然之，吾今亦有言欲以遗子，曰：‘勿以时穷而忘节，勿以势起而乱性’，小子识之！”是夕疮发，薨，妾梅氏亦作炭殉矣。天下议之，咸曰天子失德。
十二月，天子既走南阳，关中动荡，士民皆望太祖归。更有奏者，劝太祖进燕王位以安心。太祖以汉高祖皇帝白马事，固辞之。
同月，汉中太守张鲁孤身出斜道，降之。乃令赵云进驻汉中，都督汉中、武都二郡，又发杨秋引千骑为辅，然使鲁为汉中太守。汉中遂定。
同月，太祖归长安，先为虞发葬。
汉建安六年，元月，又令曹操、刘备及刘表请天子归长安详此事。不应，反罪太祖。
同月，百官再三请进燕公位，凡三辞，乃受，以燕公位代太子位行民主责，督十一州军政务。并请于天子，且复请归。
太祖既称公，乃尊母为燕国太后，敕封其妻为燕国后，其余诸位夫人皆称嫔。拜汝南吕范为首相，魏郡审配为左相，南阳娄圭为右相，此三相下，又为四相，分为钜鹿田丰，北海王修，辽西韩当，颍川戏忠。