“最终于同治十二年九月攻下回民起义军最后一个据点肃州城，白彦虎带领回民起义军残部退往新疆。”
“左宗棠因平定回民起义有功，而被授以协办大学士，次年又晋升东阁大学士。”
“同治六年，中亚浩罕汗国军官阿古柏联合地方分裂势力占领新疆南部。”
“并在之后占领乌鲁木齐与伊犁，大有吞并全疆之势。”
“陕甘回族起义军残部白彦虎等人又逃亡新疆与阿古柏合流，共同反清。”
“而沙俄又以“帮助中国收复领土”的幌子，侵占伊犁。”
“清廷官僚对于新疆的态度分为塞防，海防两派。”
“左宗棠则认为，塞防海防皆不能放弃。他”
“向清廷陈述了新疆对清政府存亡的厉害关系，并指出，如果失去新疆，则陇右、蒙古等地皆会受到威胁。”
苏轼：光绪元年清廷授左宗棠以钦差大臣，并督办新疆军务
左宗棠为收复新疆制定了先北后南的策略。
先进攻乌鲁木齐、伊犁等地，然后直捣南疆阿古柏的老巢。
为准备西征新疆，左宗棠积极筹办粮草物资。
而清廷还拖欠西北军费2100余万，对于左宗棠西征新疆仅拨款500万两。
左宗棠不得不四处借款，左宗棠写信令胡雪岩筹办军费。
胡雪岩先后从外国借款1800余万两白银。左宗棠又命手下在哈密兴修水利，开垦农田，并四处借粮。
经过一年的筹备后，光绪二年4月左宗棠亲临肃州开始指挥收复新疆的战役。
左宗棠命金顺、刘锦棠等将领从肃州出发，一路攻向古城，一路攻向吐鲁番。
率将士奋战，连克数城，并于10月会师乌鲁木齐。
到10月16日清军顺利收复乌鲁木齐，北疆大部分土地也重新为清廷所得。
但此时，英国突然居中“调停”，想要阻止左宗棠收复新疆。
左宗棠据理力争，指明英国调停的真实目的，并进一步阐明收复新疆的利害关系。
英国借“调停”阻止左宗棠收复新疆的企图宣告失败。
左宗棠摆脱了英国人的干涉后，开始了收复南疆的计划。
光绪三年三月左宗棠兵分三路进攻阿古柏布防的重镇达坂城、吐鲁番和托克逊，在不到半月的时间内连克三城，歼灭阿古柏军队一万余人，击溃了阿古柏在南疆的防守重镇。
在清军凌厉的攻势下，阿古柏政权内部发生内讧，阿古柏自杀，阿古柏集团分崩离析。
此时左宗棠收复全疆几乎已成定局，但英国又来“调停”，要求清朝允许阿古柏政权保留喀什葛尔数城，使阿古柏政权以此立国。
光绪三年八月，左宗棠命刘锦棠兵分两路，在不到两个月的时间内，收复了新疆除伊犁地区的所有土地，阿古柏残余势力逃亡沙俄。
左宗棠在收复新疆的过程中多次建议清廷在新疆设省，以加强对新疆的控制。
但此时沙俄仍占领伊犁地区，阿古柏政权的覆灭使沙俄继续占据伊犁的借口不复存在。
但沙俄仍然占据伊犁，不愿放手。清廷不得已，派崇厚与俄国谈判。</p>