十二月，曹操自安定回军，留夏侯渊驻守长安。
建安十七年正月，曹操返回邺城。夏侯渊行护军将军职，督朱灵、路招等驻长安，击破聚众数千据五关道口作乱的南山贼刘雄，收降其部，刘雄逃奔汉中。
马超尽数兼并陇右之众，张鲁也遣大将杨昂相助马超，共集结万余人，围攻凉州刺史韦康于冀城。
韦康坚守八个月，遣别驾阎温向夏侯渊求救，为马超所获，阎温拒降，为马超所杀。
夏侯渊援军未到，韦康已投降马超且为其所杀。
当夏侯渊进兵至距冀城二百余里时，马超领兵前来进攻，夏侯渊的军队交战不利。
又恰逢汧氐杨千万复叛响应马超，军屯于兴国，夏侯渊遂撤军。
七月，韩遂、马超等余部梁兴驻军蓝田、廊、夏阳等地，寇略左冯翊一带。
夏侯渊得郑浑领当地兵民相助，督张郃、徐晃率兵围而剿之，破斩梁兴于鄜，杀夏阳贼寇靳富等，救出夏阳长、邵陵令及其官吏，将靳富等掠取附近诸县的物资归还，共收降三千余户贼寇。以此功被曹操封为博昌亭侯。
建安十八年九月，赵衢、尹奉等人商议讨伐马超，姜叙在卤城起兵响应。
赵衢骗马超去讨伐姜叙，而他们在马超离去后，将马超的家小全部杀掉。
“等张郃到了渭水，马超派氐族、羌族数千人迎战张郃，后未战先逃，张郃顺利进军收复了马超的军备，等夏侯渊到达的时候，诸县都已投降。”
“韩遂在显亲驻兵，夏侯渊想去攻打他，韩遂闻风逃走，他便顺势收取了韩遂的粮草，并追击其到了略阳城。”
“离韩遂二十多里远，诸将领有的想要攻打韩遂，有的想要攻打兴国氐族。”
“夏侯渊认为韩遂兵马精良，兴国城坚固，都不能立马拿下，不如攻打长离的诸多羌族人，韩遂的军队里有很多长离的羌人，攻打长离可使韩遂陷入两难境地。”
“于是夏侯渊命督将留守辎重，他率轻兵去往长离，火烧羌人的驻地，斩杀许多羌人，韩遂军队里的诸多羌人都各自回到自己的部落，”
“韩遂便带兵救援长离，与夏侯渊的军队对峙，眼见韩遂兵马众多，夏侯渊队伍里的将领很担心，打算先扎营挖堑再与他作战，”
“夏侯渊劝阻了这个提议，认为军队转战千里，安营扎寨士兵容易疲劳”
“而韩遂的士兵虽多，其实很容易击破。”
“于是擂响战鼓，大破韩遂军，夺走了对方的军旗。”
“打完韩遂，夏侯渊带兵回到略阳，又进军围攻兴国。”
“当时马超在汉阳郡，依靠羌人和其他少数民族作乱，氐王千万叛变响应马超，他们驻守在兴国，曹操命夏侯渊讨伐他们。”
“氐王千万不敌后逃奔马超，其余手下则全部投降。”
“此战结束夏侯渊再转击高平、屠各，那里的守军全部逃走，夏侯渊便收走了他们的粮草牛马。因此被朝廷授与符节。”
“当初，枹罕的宋建因为凉州动乱，自封为河首平汉王，夏侯渊等诸将领受曹操命令前去征讨宋健，”
“夏侯渊到达后，包围了粃罕，一个多月后攻下城池，斩杀宋健和他所设置的官员。”