“陛下之前在设置提督时，同时设立护军使。”
“臣以为当设护军使，辅佐提督操江。”
这个说法，有点打动了朱由检。之前他设立护军使，为的就是协调军队和地方关系、保护监督军队。
提督操江一职，关系南京的安危，确实不能完全交给勋贵，也不能让一个人掌管。
否则刘孔昭像孙承荫那样贪污军饷，就不合自己的本意了。
所以他思索之后，说道：
“提督操江一职，以后改为长江水师提督，简称长江提督。”
“长江巡阅使兼有护军使职责，有监督保护长江水师的责任。”
“以后长江上的兵马，皆归长江水师。”
把以前分属文操江和武操江的兵马合在一起，成为长江水师。
这样长江提督和长江巡阅使，就成为新的长江水师负责人。
对此袁可立能够接受，其他文官对提督和护军使的设置不太明白，再加上巡阅使的衙署在九江和武昌，可能很少去南京。对南京的长江水师，可能谈不上监护。
所以太仆寺卿秦士文道：
“长江如此之长，提督和巡阅使又不在一个地方，如何一起承担长江水师职责？”
“臣以为可将长江分段，再像驿站一样，在各段设立兵站。”
朱由检对此颇为赞许，说道：
“具体如何分段，诚意伯和李巡江一起划分。”
“原则上长江提督负责下游，长江巡阅使负责中上游。”
“长江巡阅使之下，再设一专门的护军都尉常驻南京，执行护军职责。”
“中上游的兵马，同样要设置将领，作为长江提督下属。”
把长江上的兵马，仍旧是主要分成两部份：下游的南直隶段水师，中上游的长江巡阅府水师。
两部分又相互交叉，长江提督和巡阅使皆有权插手。
这样分别制衡，又各有侧重，文官都感到满意了，诚意伯刘孔昭也觉得不错。
因为这样一来，他就能插手长江中上游的兵马了，甚至能通过这支兵马，插手长江巡阅府。
这时朱由检又嘱咐他道：
“长江水师一定要严加操练，并且整顿战船等武器。”
“长江航道疏通后，沿途可能会出现水匪，长江水师要加强打击。”
“同时要防止走私，对沿江运货的船只，可随时进行抽检。”
“一旦发现漏税，可以让随行的税务司官员罚款。并且记录船主姓名和船号，给予警告处分。”
“警告次数多了，可以发放禁令，禁止其在长江上通行。”
对长江水师的设置，朱由检主要还是为了收税。同时有用税款养一支水师，为以后做准备的意思——
毕竟北方的灾害实在太严重，如果以后在北方待不下去，他可能会到南京去。那么长江水师，自然要加强建设。
刘孔昭听到长江水师有剿匪缉私的职权，顿时觉得自己之前的想法是对的，自己可以通过长江水师，插手长江巡阅府。
文官则不乐意了，兵部左侍郎闵梦得道：
“长江上不止有运货的，还有捕鱼的渔民。”