千年前，山本元柳斋重国以其卓越的领导才能和强大的实力，统领着各路强者，共同创立了一支神秘而强大的杀手集团。这个集团以“持护廷之名，行杀伐之实”为宗旨，专门执行各种危险的任务。
在执行任务的过程中，他们不择手段，为了达到目的甚至不惜牺牲自己的部下。这些部下在他们眼中，不过是可以随意舍弃的炮火罢了。
然而，在成功歼灭了灭却师之后，这个集团的行事风格却发生了巨大的转变。他们开始变得温和起来，对守护之物多了一份慈悲之心。他们不再仅仅是为了杀戮而存在，而是为了正义和荣耀而守护。
随着时间的推移，这个集团逐渐演变为守护瀞灵廷安全、维护尸魂界与现世秩序的护廷十三队。而集团的成员，也成为了初代护廷十三队的队长们。他们以其无与伦比的实力和高尚的品德，被人们称作“史上最强护廷十三队”。
在初代护廷十三队的组织经历中，最为着名的事件当属讨伐灭却师。大约在1000年前，友哈巴赫率领的灭却师战队与山本元柳斋重国率领的护廷十三队展开了一场惊心动魄的激战。
在这场战斗中，双方都展现出了极其强大的实力。然而，最终山本元柳斋重国凭借着其过人的智慧和强大的力量，成功击败了友哈巴赫。
尽管山本元柳斋重国在战斗中取得了最终的胜利，但令人意想不到的是，他竟然没有选择杀掉友哈巴赫。这个决定无疑是出人意料的，而这也为后续的故事发展埋下了深深的伏笔。
在那场激烈的战斗之后，流离失所的灭却师们并没有就此罢休。他们心怀愤恨，决心重新崛起。于是，这些灭却师们暗中组织起来，成立了一个名为无形帝国的组织。这个组织的存在，对于整个世界来说都是一个巨大的威胁。
而在另一方面，110年前，一场惊天阴谋正在酝酿之中。蓝染惣右介，这个充满野心和阴谋的人，将他邪恶的目光投向了护廷十三队的部分队长和副队长们。他将这些人作为虚化实验的对象，试图通过这种方式来实现他不可告人的目的。
然而，就在蓝染的计划即将得逞之际，浦原喜助和鬼道众大鬼道长握菱铁斋及时赶到，打断了他的实验。尽管如此，这些不幸成为实验对象的人们却因此遭受了巨大的痛苦和折磨。
更糟糕的是，中央四十六室得知了这一事件后，竟然下令将这些实验对象全体处决。这一决定无疑是残忍而不公的，但在当时的情况下，似乎没有人能够阻止这一切的发生。
幸运的是，当时的二番队队长四枫院夜一挺身而出，冒着巨大的风险将这些人从死亡边缘拯救出来。这些被救下的人们，与浦原喜助、四枫院夜一以及握菱铁斋一同逃离了尸魂界，来到了现世并选择隐居起来。
这些曾经的实验对象们，在经历了如此多的磨难后，并没有被打倒。相反，他们展现出了惊人的坚韧和勇气，组成了一个名为假面军势的组织，决心用自己的方式来对抗蓝染的阴谋以及其他可能出现的威胁。
百余年前的护廷十三队，空座町大战爆发，代理死神黑崎一护闯入瀞灵廷，与护廷十三队部分成员展开了激烈的战斗。在这场惊心动魄的对决中，黑崎一护展现出了强大的实力和无畏的精神，最终成功营救了朽木露琪亚。
然而，就在此时，当时的五番队队长蓝染惣右介却趁机从朽木露琪亚体内取出了“崩玉”，这一关键物品成为了他实现野心的重要工具。随后，蓝染偕同当时的三番队队长市丸银和九番队队长东仙要一同叛逃尸魂界，前往虚圈，展开了他们的罪恶计划。