足利义材就任将军后，足利义视和畠山政长的权势大涨，而当初支持足利义视父子的大奥国实权掌握者日野富子被边缘化，日野富子也开始日渐不满，与足利义视渐行渐远。延德3年（1491年）足利义视去世后，畠山政长垄断了幕府的权力。自此开始细川家族与足利氏间隙越来越大，无法弥补，细川政元开始谋划颠覆足利家族。
细川政元首先考虑联合越后国，先是拜访了越后国守护上杉房定，与上杉房定敲定合作事宜后。细川政元原本还想去奥州国，但因为足利义材讨伐六角高赖而放弃。明应二年（1493年），幕府将军足利义材出兵河内国，支持畠山政长讨伐畠山义丰，细川政元趁机联合日野富子、伊势贞宗率军攻入京都，拥立原将军候选人足利义澄为室町幕府第十一代将军，史称“明应之变”。
政变刚开始时属于畠山政长的赤松政则也投向细川政元，孤立无援的畠山政长自杀身亡，拥有巨大权力的畠山家族势力被大大削弱。足利义材也被抓，被幽闭在京都龙安寺。明应三年（1494年），足利义澄还俗，正式就任幕府将军，细川政元就任管领。但足利义澄只是傀儡，实权都握在管领细川政元手中。废立幕府将军在室町幕府中是首次，这之后的足利将军几乎都是毫无实权，徒有虚名。
足利义材在幽禁期间，得知自己将被流放到小豆岛，于是在旁人的帮助下逃离京都，到达畠山政长的领国越中国的放生津，并受到了畠山政长家臣神保长诚的保护，在该地区竖立幕府，称为越中公方，此时足利义材仅仅只是没有实力的亡命者。
明应八年（1499年），足利义材在纪伊、河内、越中守护畠山尚顺（畠山政长之子）的支持下率北陆之兵侵攻近江，比睿山延历寺也暗中支持。细川政元快速地察觉了延历寺的行为，立刻转移行动，命赤泽朝经和**伯部宗量对延历寺采用了大规模火攻，这次行动把根本中堂、大讲堂、常行堂、法华堂、延命院、四王院、经藏、钟楼等山上的主要伽蓝尽数烧毁。
赤泽朝经乘势向河内国举兵击破畠山尚顺，畠山尚顺尚顺逃往大和国。细川政元以同样的气势进攻大和国。追击筒井顺贤、十市远治等国人众，火攻喜光寺、法华寺、西大寺、额安寺，占领了大和北部。赤泽朝经的一连串动作使细川家族的版图大幅扩大。自此，细川家族开始掌控日本，权倾一时，而后柏原天皇则在细川政元的阴影下登基。
永
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正元年（1504年），摄津守护代药师寺元一谋反，被细川政元血腥镇压。永正三年（1506年）讨伐河内的畠山义英（义丰之子）和畠山尚顺，赤泽朝经再度被派遣，返回大和国展开侵攻。所以现在的后柏原天皇根本没人搭理，是死是活也没人在意。